2003 Fiscal Year Annual Research Report
Project/Area Number |
03J61575
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Research Institution | University of Tsukuba |
Principal Investigator |
小林 紀郎 筑波大学, 生物化学系, 特別研究員(PD)
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Keywords | 細胞性粘菌 / イントロン / 上流配列 / 特徴配列 / CORBA / Web / 分散処理 / 動的プログラミング |
Research Abstract |
遺伝子配列データベースと配列解析プログラムを互いに協調させ、細胞性粘菌の遺伝子構造解析を行う分散システムの開発に取り組んだ。本年度は以下に掲げる4項目について作業を行った。 1.イントロンと上流配列の取得及びデータベースの構築 まず遺伝子特定プログラムGeneSeqerを活用してcDNAコンティグ配列とゲノム配列とのアラインメントを行い、各遺伝子のORFを決定した。次に、cDNAクローン配列の情報も用いて、各遺伝子についてイントロン領域とその上流と下流各200塩基を取得した。さらに、各遺伝子について転写開始点上流2000塩基酉己列とその下流100塩基配列を取得した。 また得られた配列から、関係データベースPostgreSQLを用いてイントロンデータベースと上流配列データベースを構築した。 2.イントロンとその周辺配列の特徴抽出プログラムの開発 動的プログラミングを核とし、1で述べたイントロンデータベースにアクセスしつつ、イントロンとその周辺配列から以下に掲げる条件を満たすエレメントを抽出するプログラムを開発した。 (1)イントロン配列を当該遺伝子の発現時期で分類したとき、発現時期に特異的に現れるエレメント (2)配列位置に特異的に現れるエレメント (3)(1)と(2)を同時に満たすエレメント 3.ORF上流配列の特徴抽出プログラムの開発 2のプログラムを上流配列データベースに接続できるように変更を加えた。 4.分散協調処理を実現する通信フレームワークの構築 1から3で述べた各ソフトウエアモジュールをCORBA準拠のオブジェクトとして再構築した。この結果、複数の2または3のプログラムをネットワーク上に分散配置することが可能となり、負荷分散と並列処理による実行速度の高速化が実現できた。さらにこのシステムを利用し、イントロンとその周辺配刻及び上流配列について塩基長8以下の特徴配列を抽出した。
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Research Products
(1 results)
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[Publications] Norio Kobayashi, Mircea marin, Tetsuo Ida: "A Web Oriented System for Equational Solving"Proceedings of the 12th International Workshop on Functional and (Constraint) Logic Programming (WFLP2003). 309-312 (2003)