2007 Fiscal Year Annual Research Report
進化系統ネットワークおよび超越木推定のための効率的アルゴリズムの研究
Project/Area Number |
05F05277
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Research Institution | Kyushu University |
Principal Investigator |
定兼 邦彦 Kyushu University, 大学院・システム情報科学研究院, 准教授
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
JANSSON Jesper 九州大学, 大学院・システム情報科学研究院, 外国人特別研究員
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Keywords | 進化系統樹 / 進化系統ネットワーク / 近似アルゴリズム |
Research Abstract |
3つの生物種の親子関係を表す3つ組の集合が与えられたときに,それらがゴール型進化系統ネットワークとして表現できるかを決定し,表現できる場合はそのネットワークを構築するアルゴリズムを与えた.入力集合が密である場合,本アルゴリズムは線形時間で動作する.既存のアルゴリズムでは2乗時間が必要であった.また,この問題は入力が密ではない場合にはNP困難であることも示した.また、全ての正整数nに対し,n個の葉に対する3つ組の集合Tが存在し,任意のゴール型ネットワークはTの要素のうち最大でも0.4833の割合の要素とのみ矛盾がないことを示した.逆に,どんな3つ組の集合に対しても,その5/12以上の割合の要素と矛盾がないゴール型ネットワークを構築する多項式時間アルゴリズムを開発した.
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Research Products
(4 results)