2005 Fiscal Year Annual Research Report
DNAを用いた土壌線虫相の同定手法と形態的同定の整合性向上に関する研究
Project/Area Number |
05F05682
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Research Institution | National Institute for Agro-Environmental Sciences |
Principal Investigator |
荒城 雅昭 独立行政法人農業環境技術研究所, 生物環境安全部, 研究リーダー
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
MAJID Olia 独立行政法人農業環境技術研究所, 生物環境安全部, 外国人特別研究員
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Keywords | 線虫 / DNA塩基配列 / 形態 / 同定 / 固定液 / 保存 |
Research Abstract |
線虫の形態が保存され,DNAも分解せず抽出可能な保存方法として,飽和食塩水をベースにDMSOおよびEDTAを加えた処方の保存液(以下塩漬固定液,塩漬固定液を用いる保存・固定法を塩漬法という)がネットワーク上に公開された。そこでは,塩漬法で固定された線虫は,常法により形態的同定に供試するグリセリンマウントの永久標本とすることができ,その後でDNAを抽出することも可能であるとされている。従って,塩漬法で固定し,形態的同定を行った線虫標本からDNAを抽出してその塩基配列を読み取ることにより,DNAを用いた土壌線虫の同定と形態的同定の整合性を効率的に確認し,向上させられると考えられた。 そこで,線虫の保存・固定には塩漬法を採用することに決めた。塩漬固定液で保存・固定された線虫標本の形態がこれまでの常法,ホルマリンを含む固定液に比べどの程度よく維持されるのか,DNAがどれくらいの期間抽出可能かを明らかした報告がないことから,これらの点を追求する試験を実施する計画を立て,試験に供試するDorylaimida目,Tylenchida目,Rhabditida目など広範な分類群の,確かな同定がなされた土壌線虫系統の収集を行った。また,土壌線虫からのDNA抽出および増幅方法については,当ユニットで検討中の,Blaxterら(1996)の線虫用のプライマーを用いる方法で充分よく増幅ができるようなので,この方法で行うこととした。 来年度以降,塩漬固定液で保存・固定された線虫標本の形態およびDNAの保存状況を調査する試験,実際に塩漬法で固定しグリセリンマウントした永久標本からのDNAの抽出,塩基配列の読み取りを行い,DNAを用いた土壌線虫の同定手法と形態的同定の整合性向上を図って行きたい
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