2007 Fiscal Year Annual Research Report
大脳皮質可塑性の引き金ニューロン群における単一細胞遺伝子プロファイリングと遺伝子ネットワーク解析
Project/Area Number |
05F05880
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Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
Principal Investigator |
CARNINCI Piero The Institute of Physical and Chemical Research, 林崎生体分子機能研究室, 先任研究員
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
CHARLES PLESSY 独立行政法人理化学研究所, 林崎生体分子機能研究室, 外国人特別研究員
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Keywords | 配列 / トランスクリプトーム / プロモーター / マウス / 脳 / 遺伝子発現 / ネットワーク / RNA |
Research Abstract |
私は主にCAGE方式で微量生物学的サンプルを使用しての、プロモーター分析に適したプロトコルの確立に取り組みました。私が研究を始めたとき、分析に利用可能なサンプルには、マイクログラム単位のmRNAを使用する、という強い制限がありました。 まず最初に、始めのステップである、キャップトラッピングを置き換え、異なった法則に基づく同等な方法、オリゴキャッピング方法により改良を詳しく調べました。少量サンプルではこの方法は使えませんでした。それにもかかわらず、これらの結果はマイクログラム単位でのサンプルを分析する科学者の役にたち、そしてそれら商用簡略版を作る目的で特許出願しました。 私の研究の2番目の段階では、私は「オリゴキャッピング」か「キャップトラッピング」の代わりに「ストランドスィッチ」法の使用について詳しく調べ、これはおよそ1000の要素の改良を導きます。トリエステ(イタリア)の高度研究の国際的な学校との共同では、私たちはいくつかのサンプルは、私の研究以前に存在していた、CAGEプロトコルではサンプルを分析することができなかったサンプルを分析している。私たちは、同じ出版物でこの研究とともに、CAGEプロトコルの開発を図解するように期待します。 また、私は他のプロジェクトにも参加しました。一つ目は、煩雑なトランスクリプトーム解析の研究おいて、チームに参加する前に準備したライブラリから得られたCAGEデータの分析検討を担当しました。この結果はNat. Genet. 2006 Jun. 38(6):626-35およびJ Physiol.2006 Sep 1;575(Pt 2):321-32で発表しました 二つ目は、理研BSIとの共同研究で、私はCAGEを分析しました。これは、マイクロアレイを含めた広範な遺伝子解析のアプローチであり、われわれの共同研究の最初の記事として、私が投稿しました。 三番目のプロジェクトにおいて、ハイスループットシーケンシング分野で開発した方法の利点を用いて、われわれのグループで調製した試料の後処理を行った。この試料のシーケンスは、現在進行中であり、この共同研究に共同研究者として十分に貢献できると期待している
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