2005 Fiscal Year Annual Research Report
隠れマルコフモデルを用いた自己組織化写像の拡張及びプロモータ配列の推定
Project/Area Number |
05J02795
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Research Institution | Nara Institute of Science and Technology |
Principal Investigator |
西尾 泰和 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 特別研究員(DC2)
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Keywords | 球面 / 自己組織化写像 |
Research Abstract |
自己組織化写像のバイオインフォマティクスへの応用について、いくつかのモデルに従ってランダムに生成されたデータおよび実際の生物学的実験から得られたデータに対して行った実験により、実験の種類・用いるデータ・注目したい特徴量などによっては、従来の自己組織化写像の応用の中では多数派であった平面型の自己組織化写像よりも、あまり応用例の多くない球面型の自己組織化写像の方がより歪みが少ないマップを得ることが可能であるという意味で適切であるケースが多くあることが確認された。そこで、どういう場合に球面型の自己組織化写像を用いた方が平面型の自己組織化写像を用いた場合よりひずみの少ない写像を得られるのかを調べる目的で、実際に得られたマップの歪みの量を定量することのできる尺度を開発し、これを用いて相関など相対的な類似性を見る場合には特に球面型の自己組織化写像の方が適している場合が多いことを確認し、また球面型の自己組織化写像にあった任意個の頂点を配置することが出来ないという問題点を解決し、バイオインフォマティクスに実用的に利用可能なアルゴリズムを開発し、開発されたアルゴリズムを用いた可視化を行うことが可能である機能を実装したアプリケーションソフトウェアを開発し、当該アプリケーションソフトウェアについて自己の管理するWEBページ上において英語による一般公開をおこなった。また、これらの成果について複数の国際学会で発表を行い、また複数の論文誌に投稿した。うち1本はアクセプトされ、すでに発行済みである。
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Research Products
(1 results)