2005 Fiscal Year Annual Research Report
RNAアプタマーによるHIV・Tat認識機構の構造学的解明とドラッグデザイン
Project/Area Number |
05J05395
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Research Institution | Yokohama City University |
Principal Investigator |
松上 明正 横浜市立大学, 大学院・国際総合科学研究科, 特別研究員(PD)
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Keywords | ドラッグデザイン / 構造生物学 / NMR / RNA / HIV |
Research Abstract |
^<13>C,^<15>N標識ヌクレオチド(平成17年度・消耗品費で購入)を用いて^<13>C,^<15>N標識RNAアプタマー(34残基のヌクレオチド)のT7ポリメラーゼによる酵素合成を行い、ポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE)精製を行った。そして、^<13>C,^<15>N標識ペプチド(平成17年度・消耗品費で購入)を用いて^<13>C,^<15>N標識RNA結合モチーフ(7アミノ酸残基の部分ペプチド)の合成・精製を行った。なお、RNA結合モチーフに関しては特定のアルギニン残基のみを標識した異なる試料を3種類調製した。得られた標識RNAアプタマーとすでに所有している非標識RNA結合モチーフの複合体を用い、現有するNMR装置にて多核多次元NMRを測定し、RNA側から情報を得た。また非標識RNAアプタマーと得られた標識RNA結合モチーフを用い、多核多次元NMRを測定し、RNA結合モチーフ側から情報を得た。残基特異的に標識したRNA結合モチーフを用いることにより、NMRスペクトルをシンプルにし、より解析しやすい情報を得ることが出来た。また、^1H検出ではなく^<13>C検出による新たなNMR測定手法を用いることにより、非直接的にRNAアプタマーとRNA結合モチーフの水素結合情報を求めた。その結果、RNA結合モチーフのどの部位がRNAと相互作用しているのかということについて新たな知見を得る事が出来た。得られた情報を高性能コンピュータ(平成17年度・設備備品費で購入)で解析した。本年度に得られた知見はTatタンパク質のRNA結合モチーフとRNAアプタマーの複合体の3次元立体構造を、NMR法によって決定するために重要な情報である。
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Research Products
(3 results)