2007 Fiscal Year Annual Research Report
Project/Area Number |
06J03404
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Research Institution | Kyoto University |
Principal Investigator |
本多 渉 Kyoto University, 理学研究科, 特別研究員(DC1)
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Keywords | the immune system / antigen presentation / MHC / virus / autoimmune disease / evolutionary trace / epitope / autoantigen |
Research Abstract |
本年度は主にヒトとヒト感染ウイルスの共通ペプチドについて、その配列の特徴及びタンパク質の機能、及び各生物種にユニークなペプチドとの関係について解析した。 ヒトもしくはウイルスにユニークに現れるペプチドがどの程度、共通のペプチドに近いかということを調べるために、ベプチド間のマンハッタン距離を計算することで、その特徴を調べた。方法としては、各生物種にユニークなペプチド一つに対し、共通ベフチド全てとのマンハッタン距離を計算し、その最小値を共通ペプチド集団からの距離とした。 その結果、ヒトにユニークなペプチドは共通ペプチドからの距離が遠くなるほど、すなわち配列が似ていないものほど数が多くなる分布を示し、それに対してウイルスにユニークなベフチドは距離が近い、すなわち共通ペプチドに配列が似いているものほど数が多いという分布を示した。 このことからヒトにユニークなペプチド集合は共通ペプチドから離れていて、ウイルスにユニークなペプチド集合は共通ペプチドに近い、すなわちホスト側の配列はウイルスから逃げる方向に変化し、ウイルス側の配列はホストに近づくように変化していると考えられる結果が得られた。 また共通ペプチドを持つタンパク質のオーソログ間のマルチプルアラインメントの結果から、この共通ペプチドはヒトになって新規にできた配列であるということを示した。
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