2007 Fiscal Year Annual Research Report
Project/Area Number |
07F07417
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
清水 謙多郎 The University of Tokyo, 大学院・農学生命科学研究科, 教授
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
BHOWMICK Bejon 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 外国人特別研究員
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Keywords | 生体生命情報学 / 蛋白質 / プロテオーム / 蛋白質間相互作用 / 相互作用部位予測 |
Research Abstract |
タンパク質-タンパク質間相互作用部位予測において、アミノ酸配列情報のみを用いた予測手法と、配列情報と構造情報の両方を用いた予測手法の2つを開発した。アミノ酸配列情報のみを用いた予測手法については、以下の3つのアプローチから研究を行った。 (1)予測対象のタンパク質の配列を、非冗長データベースに対してPSI-BLASTにより検索をかけ、類似の配列のマルチプルアラインメントを求め、これをもとにプロファイルを作成し、これを機械学習SVM(Support Vector Machine)の入力として予測を行う手法を開発した。 (2)同様に、類似の配列のマルチプルアラインメントを求め、進化解析を行い、保存部位をもとに予測する手法を開発した。 (3)Gene Ontology情報や配列データベースのアノテーション情報、モチーフ、ドメイン構成など、既知の相互作用情報を積極的に利用した予測手法の開発を開始した。具体的には、予測対象のタンパク質に対し複数のデータベースを検索して、これらの情報を収集し予測に利用する。これらの手法を適用した結果を統合して最終的な予測結果とするためのシステム作りに着手した。配列情報と構造情報の両方を用いた予測については、タンパク質の表面における相互作用部位の残基の出現傾向、溶媒露出表面積などをSVMの入力として学習・予測する手法を開発した。現在のところ、従来の手法に比べ、precisionが高い領域で、予測精度を大幅に改善することができている。今後、(3)の手法を採り入れることにより、さらなる精度の改善が期待される。
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Research Products
(4 results)