2008 Fiscal Year Annual Research Report
遺伝子発現情報を用いたマラリアの病原性に関する研究
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07F07418
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
五斗 進 Kyoto University, 化学研究所, 准教授
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
DIEZ RUIZ Diego 京都大学, 化学研究所, 外国人特別研究員
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| Keywords | マラリア / Plasmodium falciparum / 抗原変異 / 超可変領域 / 配列アライメント / 遺伝子ファミリー / ゲノム / データベース |
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| Research Abstract |
マラリア原虫がホストに侵入し病原性を確立するためには、ホストの免疫システムから逃れる仕組みが重要である。この仕組みに深く関わっていると考えられている因子の一つが抗原変異遺伝子ファミリーである。抗原変異遺伝子ファミリーは通常数十から多いものでは百以上の遺伝子からなり、それぞれが大きく異なる超可変領域をその遺伝子配列内に持つ。この可変領域がちょうど抗原部位にあたり、マラリア原虫ではvar遺伝子やrifin遺伝子ファミリーが、時期や場所によって働く遺伝子を入れ替えることにより、ホストの免疫システムから逃れることができると考えられている。
本研究では、抗原変異と病原性との関係を明らかにするための解析をサポートするために、抗原変異データベースvarDB(http://www.vardb.org/)を構築している。昨年度までに、ゲノムから抗原変異遺伝子ファミリーを探索する方法を確立したので、本年度はさらにそれを拡張し、GenBankとゲノムプロジェクトデータベースを用いて配列データを取得し、さらに配列モチーフ情報と文献情報を組み合わせてフィルタリングすることにより、より精度の高い配列取得方法を実装した。varDBには、2009年3月の時点で25種の病原生物から39の遺伝子ファミリーの情報が登録されており、今後も本手法を適用することにより、生物種、遺伝子ファミリー、遺伝子配列の数を定期的に増やす予定である。
非コード領域の解析は、データ取得方法も含めて継続的に進めているが、報告できる成果までは得られていない。また、遺伝子発現情報の解析に関しては、共発現遺伝子を抽出した後に文献から抽出したデータと組み合わせて解析する仕組みを構築し、ヒトの疾病に関するデータ解析への適用を検討している。
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[Journal Article] varDB : a pathogen-specific sequence database of protein families involved in antigenic variation2008
Author(s)
Hayes, C. N., Diez, D., Joannin, N., Honda, W., Kanehisa, M., Wahlgren, M., Wheelock, C. E., Goto, S.
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Journal Title
Bioinformatics 24
Pages: 2564-2565
Peer Reviewed
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