2007 Fiscal Year Annual Research Report
HIVアクセサリー・タンパクの構造と機能の解析研究
Project/Area Number |
07F07715
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Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
Principal Investigator |
杉浦 亙 National Institute of Infectious Diseases, エイズ研究センター第二研究グループ, グループ長
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
TSANG Steve Hsinyi 国立感染症研究所, エイズ研究センター, 外国人特別研究員
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Keywords | HIV / プロテアーゼ / 3D構造 / 薬剤耐性 |
Research Abstract |
HIVタンパクの構造解析を行うプログラム開発のために本年度はプロテアーゼ阻害剤に対して薬剤耐性を獲得した16症例についてそのプロテアーゼの構造予測を試みた。通常の薬剤耐性検査で得られた遺伝子配列データは単一の配列ではなく、複数の配列の平均値として得られることから、そのままでは特定できない箇所が観察されることがある。そして特定できない箇所が複数個あると構造予測が困難となる。この問題を解決するために本年度は次のような実験に取り組んだ。 (1)薬剤耐性検査で得られた集合配列結果から単一配列候補を書き出すためのプログラムを作成した。作成したプログラムを用いて特定できない箇所を考慮したうえで16症例について結果から予測される単一配列候補リストの作成を行った。 (2)作成したプログラムの質的妥当性を検証するために、16例中4症例については薬剤耐性検査で解析した遺伝子をクローニングして実際に存在する配列の確認を行った。其々の症例について10個前後の配列を特定した。プログラムによる結果と比較すると実査に得られた配列は作成したプログラムで得られたものよりも収束した配列群であることが明らかになった。 (3)次に得られた単一配列それぞれについてDeep View Swiss Prot ViewerとAMBER MD package version 8.0を用いて構造予測を行い、構造学的な視点から配列の収束について考察を行っている。
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