2008 Fiscal Year Annual Research Report
蛋白質分子表面解析に基づく蛋白質-蛋白質相互作用予測法の開発
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07J05006
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
小川 裕子 (土屋 裕子) The University of Tokyo, 特別研究員(PD)
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| Keywords | 蛋白質間相互作用 / バイオインフォマティクス / 蛋白質立体構造 / 蛋白質複合体構造予測 / 蛋白質-蛋白質ドッキング / 蛋白質分子表面 / 相互作用部位予測 / 評価関数作成 |
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| Research Abstract |
蛋白質-蛋白質複合体の立体構造に関する情報は、蛋白質の機能を知る上で非常に重要である。蛋白質複合体の立体構造決定の難しさ法の開発が重要視されており、蛋白質-蛋白質ドッキング法は効果的な予測方法の一つである。ドッキング法は、正解構造に類似するだけでなく、多数の偽複合体モデルも発生するため、多数の偽モデルの中から少数の真モデルを選び出す"スコアリング"が必要となコアリングの過程において真モデルを選び出す評価方法の開発を、PDB(Protein Data Bank)から抽出した74ヘテロタイマー複合体構たドッキング法を利用して行った。ヘテロタイマー複合体は、複合体形成時に生じる機能やその構造だけでなく、相互作用という点でため、単一の評価法では、さまざまなタイプのヘテロタイマーに対して、真モデルの選択(すなわち相互作用の正しい評価)ができなまず初めに、74ヘテロタイマーを相互作用面における物理化学的特徴(疎水性、静電ポテンシャル、形状)に関する相補性度から4グ各グループに適応が可能な"マルチプル"な評価法の構築を行った。この"マルチプル"な評価法を用いることにより、単一の評価法ルを選ぶことが可能となった。今回開発した評価法は、予測コンテストにおいても正解構造に近いモデルを選択することができた。本雑誌に投稿中である。
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