1996 Fiscal Year Annual Research Report

生物科学分野の分類情報を統合した大量知識ベースの構築・利用技術に関する研究開発

Research Project

Project/Area Number	08283104
Research Institution	Hiroshima City University
Principal Investigator	北上始広島市立大学, 情報科学部, 教授 (50234240)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	森康真広島市立大学, 情報科学部, 助手 (60264959) 有川正俊広島市立大学, 情報科学部, 助教授 (30202758) 任福継広島市立大学, 情報科学部, 助教授 (20264947) 斎藤成也国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究部門, 助教授 (30192587) 山崎由紀子国立遺伝学研究所, 遺伝実験生物保存センター, 助教授 (00239956)
Keywords	生物分類樹 / 分子進化系統樹 / データベース / 異種性 / 統合 / マルチメディア
Research Abstract	平成8年度は下記の研究課題に重点をおいて研究を行った。 (1)代表的な進化系統樹のデータベース化科学雑誌「サイエンス」で紹介されたテキストベースの進化系統樹をデータベース化するために,データベース設計を行い小規模なデータベース構築を試みた。その結果,進化系統樹データベース化の手順が明確になった。 (2)異種性を有する生物分類樹の統合利用方法生物分類樹データベース間に存在する構造的異種性(ミスマッチ)は,データベースを統合する上で大きな障害になっている。このような異種データベースの統合方式を明確にした。 (3)生物分類樹と進化系統樹の間の統合利用生物分類樹と進化系統樹は共に木構造のデータ構造をもつが,進化系統樹のノードは,生物分類樹のように各ノードに名前を持たない。両サイドの各ノードをいかに対応づけるか検討したが,未だ明確な方法は得られていない。 (4)生物分類情報のマルチメディア化生物分類樹を構成する各ノードにはラテン語による名前が付与されているが,その名前を参照しただけではその生物に関する深い理解を得ることができない。ここでは,写真や解説記事などのようなマルチメディア情報をいくつか収集しながら,それらを生物分類樹に結合する方法について明確にした。上記の研究成果に基づき,今後は次のような課題に取り組むことが重要である。(1)については,データベースをさらに充実させ,利用価値の高い進化系統樹のデータベースを構築する必要がある。(2)については,その自動統合方式を用いて最大規模の生物分類樹データベースを作成し,その利用方法を検討する必要がある。(3)については,生物分類樹の各ノード名を進化系統樹のノードへ写像する方式の明確化が挙げられる。(4)については,大量のマルチメディア情報を収集し,利用価値の高いマルチメディアデータベースを構築する必要がある。また,その利用方法について検討する必要がある。

Research Products

(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] H.Kitakami et al.: "An Intelligent System for Integrating Autonomous Nomenclature Databases in Semantic Heterogeneity" Proceedings of the 7th International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA 96),Springer-Verlag. 187-196 (1996)
[Publications] N.Saitou: "Methods for reconstructing phylogenetic relationships of genes" Methods in Enzymology,Academic Press. 266. 427-449 (1996)
[Publications] 北上始: "生物分類樹データベースの紹介" 進化学研究会,SHINKA. 6・2. 110-116 (1996)
[Publications] H.Kitakami et al.: "A Taxonomy Database System for Managing Multimedia Contents" Proceedings of the Seventh Workshop on Genome Informatics,Universal Academy Press. 7. 166-167 (1996)
[Publications] 山崎由紀子他: "異種統合型系統資源データベース構築" 日本生化学会大会および日本分子生物学会年大会予稿集. 1252-1252 (1996)
[Publications] H.Kitakami et al.: "An Integration methodology for Autonomous Taxonomy Databases using Priorites" Proc.of the Fifth International Conference on Database Systems for Advanced Applications (DASFAA′97),World Scientific Publishing. (印刷中). (1997)

1996 Fiscal Year Annual Research Report

生物科学分野の分類情報を統合した大量知識ベースの構築・利用技術に関する研究開発

Principal Investigator

北上 始 広島市立大学, 情報科学部, 教授 (50234240)

Research Products

[Publications] H.Kitakami et al.: "An Intelligent System for Integrating Autonomous Nomenclature Databases in Semantic Heterogeneity" Proceedings of the 7th International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA 96),Springer-Verlag. 187-196 (1996)

[Publications] N.Saitou: "Methods for reconstructing phylogenetic relationships of genes" Methods in Enzymology,Academic Press. 266. 427-449 (1996)

[Publications] 北上始: "生物分類樹データベースの紹介" 進化学研究会,SHINKA. 6・2. 110-116 (1996)

[Publications] H.Kitakami et al.: "A Taxonomy Database System for Managing Multimedia Contents" Proceedings of the Seventh Workshop on Genome Informatics,Universal Academy Press. 7. 166-167 (1996)

[Publications] 山崎由紀子他: "異種統合型系統資源データベース構築" 日本生化学会大会および日本分子生物学会年大会予稿集. 1252-1252 (1996)

[Publications] H.Kitakami et al.: "An Integration methodology for Autonomous Taxonomy Databases using Priorites" Proc.of the Fifth International Conference on Database Systems for Advanced Applications (DASFAA′97),World Scientific Publishing. (印刷中). (1997)

北上始広島市立大学, 情報科学部, 教授 (50234240)