2008 Fiscal Year Annual Research Report
代謝進化のメカニズム-緑色硫黄細菌と生体異物分解経路を中心として-
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08F08086
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
五條堀 孝 National Institute of Genetics, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
CLEMENTE LITRAN Jose Carlos 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 外国人特別研究員
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| Keywords | 代謝パスウェイ / 節約法 / 祖先配列 |
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| Research Abstract |
本研究の目的は緑色硫黄細菌における代謝進化のメカニズムと生体異物分解経路を理解することである。代謝経路の進化において頻繁に起こっている変化を明らかにするためには、まず祖先の代謝経路を推定する必要がある。(この推定には正確さと効率の良さが求められる。)最節約法は、祖先形質を再構築するために広く用いられている方法であるが、形質状態が多い場合には計算コストが高くなる。
この計算コストを減軽するため、我々は新たな重みづけ最節約法を開発した。この方法は超計量またはアディティブ重み行列を使うことにより計算時間を大幅に短縮できる。このことはシミュレーションおよび実際のデータ(特に代謝経路のデータ)を用いた場合とにおいて、確認できた。
今後の目標は,この方法を改善し、正確さをさらに高めることである。このことは、特に、等しく最節約的である進化経路を解くために重要である。
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