2009 Fiscal Year Annual Research Report
アミロイド繊維のナノメートル・スケールでの構造形成機序
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08F08780
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
中村 春木 Osaka University, 蛋白質研究所, 教授
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
SAVINI Gianluca 大阪大学, 蛋白質研究所, 外国人特別研究員
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| Keywords | β-アミロイド繊維 / 力学物性 / 極限応力 / ヤング率 / 分子モデル / 分子シミュレーション / 水和効果 / 自由エネルギー地形 |
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| Research Abstract |
アルツハイマー病などの神経疾患は、アミロイド繊維形成をもたらす蛋白質のミスフォールディングによって引き起こされており、またその繊維構造の多様性も観測されている。本研究の目的は、このアミロイド繊維の構造安定性についての、ナノメートル・スケールでの分子論的な理解である。具体的には、様々なアミロイド繊維のモデルを作り、そのモデルから、特にアミロイド分子構造の安定性やらせん構造の捩れの度合いについて解析することを目的とした。
この目的のため、2009年度には下記の研究を行った。
1)β-アミロイド繊維の分子モデルを、ペプチドの長さ、側鎖、配向等を様々に変えながら分子動力学計算によって構築した。
2)構築したモデルを基に、様々な変形力に対する応答性などの構造的な特性を解析する。初期の研究目的である、アミロイド繊維重合体を支配している特異的な力学特性と物性について、分子モデルを構築し外力を加えたシミュレーション計算を実施して、高い精度の力学物性値(極限応力、ヤング率)を既に算出した。
3)ダイナミクスと水和効果等のエントロピーの寄与を加えた計算を進め、実験と比較可能な自由エネルギー地形を描いた。
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