2008 Fiscal Year Annual Research Report
エピジェネティクス解析のための新規アプタマーの探索と応用
Project/Area Number |
08J11563
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Research Institution | National Research Institute for Child Health and Development |
Principal Investigator |
吉田 亘 National Research Institute for Child Health and Development, 国立成育医療センター(研究所)周産期病態研究部, 特別研究員(PD)
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Keywords | メチル化CpG / アプタマー / エピジェネティクス |
Research Abstract |
DNAアプタマーはSystematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment(SELEX)によって選択される。SELEXとは以下の4段階の操作を繰り返すことによってアプタマーを選択する方法である。1)ランダム塩基配列領域の両端にプライマー結合領域を持つ一本鎖DNAライブラリーと標的分子を混合する、2)標的分子に結合したDNAライブラリーを回収する、3)PCRにより標的分子に結合したDNAライブラリーを増幅する、4)一本鎖DNAライブラリーを調製し、次のラウンドヘ用いる。そこで本年度は、SELEXによってメチルCpGに結合するアプタマーの選択を試みた。まず5'末端にビオチンを修飾したメチルCpG又は非メチルCpGをアビジン固定化Dynabeadsに固定した。次に60-merのランダム塩基配列を持つDNAライブラリーを非メチルCpGに加え室温で1時間インキュベートし、インキュベート後、非メチルCpGに結合しなかったDNAライブラリーを回収した。回収したDNAライブラリーをメチルCpGに加え室温で1時間インキュベートし、インキュベート後、0.15M NaOHを用いてメチルCpGに結合したDNAライブラリーを回収した。回収したDNAライブラリーを鋳型としてPCRをおこなったところ、目的のDNAライブラリーが増幅されることを確認した。つまり、メチルCpGに特異的に結合するDNAライブラリーを濃縮することができたと考えられ、これらの塩基配列を決定することによってメチルCpGに結合するアプタマーを取得できると考えられる。
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Research Products
(3 results)