ロドコッカス・エクイ病原性プラスミドの全塩基配列の決定

1999 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 10660306
• Research Institution: Kitasato University
• Principal Investigator: 高井 伸二 北里大学, 獣医畜産学部, 助教授 (80137900)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 斑目 広郎 麻布大学, 獣医学部, 助教授 (20173768) ; 関崎 勉 農水省家畜衛試病原機能研, 室長
• Keywords: Rhodococcus equi / Virulence / plasmid / DNA Sequence

Research Abstract

昨年度までに全塩基配列の約7倍のデータから、10数個のcontigが得られ、48,417bpと13,945bpの2つの大きなContigのpREAT701上の位置が決定した。今年度はそのgap部分をPCRとprimer walkingで連結した。決定した塩基配列は、これまでの予測より小さい80,608bpで、G+C%は64.6%であった。Computerによる解析で、67個のORFの存在が推定され、それらは、全塩基配列の73.5%を占めていた。66個のORFのうち、databaseと有意な相同性を示したものは30個のみで、このうち11個は他の菌においても機能不明であった。既知の蛋白と相同性を示した19個のうち興味あるものは、VapAと高い相同性を示すORFが、さらに6個近傍に見出されたことであった。これら遺伝子が存在する1〜21,000bp領域でのGC含量(59.0%)は、それ以外の領域(67.5%)や染色体DNA(71.0%)のそれよりも低く、また、codon usageにも著しい違いが見られ、さらにtransposonの転移に関与する酵素に類似する遺伝子2個がこの領域を挟むように存在していることから、この領域がプラスミド上でのpathogenicity islandを形成していると推測された。

Research Products

• [Publications] Kasuga-Aoki, H. et al.: "Tumor necrosis factor-a and interferon-g are required in host resistance against virulent Rhodococcus equi infection in mice: cytokine production depends on the virulence levels of R. equi"Immunology. 96. 122-127 (1999)
• [Publications] Davis, W. P. et al.: "Disseminated Rhodococcus equi infection in two goats."Veterinary Pathology. 36. 336-339 (1999)
• [Publications] Takai. S. et al.: "Live virulent Rhodococcus equi, rather than killed or avirulent, elicits protective immunity to R. equi infection in mice."FEMS Immunol. Med. Microbiol.. 24. 1-9 (1999)
• [Publications] Takai. S. et al.: "Genetic analysis of virulent Rhodococcus equi based on restriction fragment length polymorphism of virulence plasmids: A molecular approach for epidemiology of virulent R. equi in the world."J. Clin, Microbiol.. 37. 3417-3420 (1999)
• [Publications] Higuchi, T, et al.: "Effect of prophylactic administration of hyperimmune plasma on foals from endemically affected farm to prevent Rhodococcus equi infection."J. Vet. Med. B. 46. 641-648 (1999)
• [Publications] Fukunaga, N. et al.: "Restriction cleavage patterns of plasmid DNA of intermediately virulent Rhodococcus equi isolates from the mandibular lymph nodes of pigs in Kagoshima, Aomori and Miyagi prefectures and the environment of pig-breeding farms."J. Jpn. Vet. Med. Assoc.. 52. 789-792 (1999)