1999 Fiscal Year Annual Research Report
Project/Area Number |
11694226
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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Research Institution | National Institute of Radiological Sciences |
Principal Investigator |
三田 和英 放射線医学総合研究所, 第2研究グループ, 研究員 (30159165)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
嶋田 透 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (20202111)
市村 幸子 放射線医学総合研究所, 生物影響研究部, 研究員 (40158754)
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Keywords | カイコ / BACライブラリー / BACコンティーグ / 物理地図 / ESTマーカー / 遺伝子地図 / カイコゲノム解析 |
Research Abstract |
カイコゲノム解析のための物理地図を作成することが本研究の目的である。平成11年度には最初の目標である高品質のカイコBACライブラリーを作成することができた。平均インサートサイズが170kbで、重複度が11倍、キメラ率が3%以内という優れたライブラリーである。作成したBACライブラリーの全クローンをフィルターにドットブロットした高密度HDRフィルターを作成することができた。また、ESTデータベースは科学研究費基盤(B)「カイコ全発現遺伝子のカタログ化」(研究代表者:三田和英、平成10-12年)のサポートにより、カイコ全遺伝子の約40%をカバーするデータベースが構築されている。このESTマーカーをブローブとし、ハイブリダイゼーション法によってBACコンティーグを作成する段階にすでに入っている。この方法で全ゲノムのBACコンティーグを作成するには約6,000回のハイブリダイゼーションが必要である。しかし、この方法で得られる物理地図は直接遺伝子地図になるので、非常に価値が高い。ハイブリダイゼーションの条件も決定することができ、現在約10%のハイブリを進行させている。同時に、特定の染色体領域をカバーするBACコンティーグ作製にはBACクローンの末端シーケンスをブローブとするウォーキング法も併用している。
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Research Products
(4 results)
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[Publications] Kazuei Mita: "The construction of EST database for genome analysis of Bombyx mori"RIKEN Review. 22. 63-67 (1999)
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[Publications] Jieun Lee: "Characterization of JDP genes, an evolutionarily conserved J domain-only protein family, from human and moths"Biochim.Biophyz.Acta. (印刷中). (2000)
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[Publications] Y.Yoshiga: "cDNA cloning of acyl-CoA desaturase Homologs in the silk worm, Bombyx mori"Gene. (印刷中). (2000)
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[Publications] K.Fukuchi: "P13-kinase inhibitors, Wortmannin or LY294002,inhibited accumulations of p21 protein after irradiation"Biochim.Biophys.Acta. (印刷中). (2000)