2012 Fiscal Year Annual Research Report
シンセティックバイオロジーにおける生命デザインのための最適コドン解析
Project/Area Number |
11J09332
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Research Institution | Keio University |
Principal Investigator |
玉木 聡志 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特別研究員(DC1)
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Keywords | 合成生物学 / コドン / 翻訳効率 / プロテオーム / 微生物 / tRNA / codon co-occurrence / リボソーム |
Research Abstract |
近年の研究成果より、yeastにおいて同義コドンが連続してコードされやすい傾向が明かとなりその同義コドンの連続性(codon co-occurrence)の傾向が強い遺伝子はたんぱく質のelongation効率の良い事が知られている。本研究では原核生物において同様の現象が起こっているか確かめるものである。 これまでの研究内容により、バクテリア全般においてcodon co-occurrenceの現象が確認された。現在たんぱく領域内でのよりローカルはエリアでの翻訳効率を明らかにするため、たんぱく質翻訳のシミュレーションモデルにcodon co-occurrenceのパラメータを組み込んでいる。ゲノムワイドに観察されるcodon co-occurrenceは合成生物学的において新たなゲノムを設計する際、重要な要素として考慮すべきパラメータであると考えられ、本研究は有用生物の効率的なゲノムデザインに貢献することが期待される。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の予定であったバクテリアのcodon co-occurrenceは確認され、予定通り翻訳モデルの作成に着手しているため。
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Strategy for Future Research Activity |
今後は質量分析装置を用いた原核・真核生物の定量プロテームデータを用いる事でcodon co-occurrenceが翻訳効率に及ぼす影響についてより定量的な評価を行う予定である。
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Research Products
(1 results)