2000 Fiscal Year Annual Research Report
動的・準動的結晶解析法による蛋白質間相互作用の研究
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12034212
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Research Institution | Kyoto University |
Principal Investigator |
樋口 芳樹 京都大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (90183574)
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Keywords | 準動的X線結晶解析 / ヒドロゲナーゼ / DsrDタンパク質 / Axin / 超高分解能結晶解析 / タンパク質間相互作用 / タンパク質-配位子相互作用 / 極低温結晶解析 |
Research Abstract |
1..DsrD(dissimilatory sulfite reductase D)タンパク質とDNA(RNA)との相互作用解明 DsrDタンパク質の3.5ÅにおけるX線結晶解析の結果,その主鎖の折れたたみ構造のパターンはADAR1のZαドメインの構造と酷似していることが分かった.このZαドメインは,Z-DNAとの複合体として結晶解析されていることから,本DsrDもDNAあるいはRNAと相互作用するものと考えられた.今年度,さらに高分解能(1.5Å)の解析に成功し,側鎖も含めた全構造を解明した.その結果,核酸と相互作用すると考えられる部分の表面構造はZαドメインの構造と似ているものの,その表面電荷のパターンは異なっていることが判明した.また,高分解能の精密化により分子表面にモノマーあたり3-4個の硫酸イオンが同定された. 2.ヒドロゲナーゼの水素活性化機構の解明 ヒドロゲナーゼの活性阻害剤・CO分子結合型の超高分解能X線結晶解析に成功した.CO分子はNi原子に結合しており、生体分子中のNi原子とCO分子の結合状態をX線解析で示したのは本研究が最初である.また,水素活性化にNi原子のひとつのシステイン配位子が重要であることが明らかになった. 3.細胞分化に関与するAxinタンパク質の構造化学 AxinはWntシグナル伝達経路を負に制御していると考えられている.この分子はβ-カテニン等多くのタンパク質と結合し,シグナル伝達の足場的な役割を持つことからその精製・純品化が課題であった.本年度は,Axin中に見いだされているDIXドメインの精製法の開発に成功し,現在結晶化実験にはいっている.
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Research Products
(7 results)
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[Publications] N.Mizuno 等: "Preliminary X-ray Crystallographic Study of DsrD Protein from the Sulfate-reducing Bacterium Desulfovibroi vulgaris"Acta Crystallographica. D56. 754-755 (2000)
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[Publications] K.Suto 等: "How do the X-ray Structure and the NMR Structure of FMN-binding Protein Differ?"Acta Crystallographica. D56. 368-371 (2000)
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[Publications] O.Trofanchuk 等: "Single Crystal EPR Studies of the Oxidized Active Site of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F"J.Bioinorganic Chemistry. 5. 36-44 (2000)
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[Publications] Y.Higuchi 等: "The Presence of SO Molecule in [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki, as Detected by Mass Spectrometry"J.Inorganic Biochemistry. 80. 205-211 (2000)
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[Publications] 樋口芳樹: "ヒドロゲナーゼの立体構造と機能発現"日本生物物理学会誌. 40・4. 249-253 (2000)
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[Publications] 樋口芳樹: "ヒドロゲナーゼ活性中心の反応機構"現代化学. 8. 51-56 (2000)
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[Publications] 八木達彦,樋口芳樹: "廣川タンパク質化学"廣川書店. 340 (2000)