2004 Fiscal Year Annual Research Report
モデル多細胞生物発生の遺伝子システムの全体像解明と計算機モデル化
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12202003
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
小原 雄治 国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
近藤 滋 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (10252503)
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| Keywords | 線虫 / 細胞系譜 / EST / whole mount in situ ハイブリダイゼーション / RNAi / クラスタリング解析 / コンピュータシミュレーション / 反応拡散波 |
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| Research Abstract |
1)モデル多細胞生物発生の遺伝子システムの全体像解明と計算機モデル化
・EST配列12万本からエキソン・イントロン構造を確定した12000遺伝子についてwhole mount in situハイブリダイゼーションによる発現パターン解析をおこないクラスタリング解析により共通制御候補遺伝子群を同定した。NEXTDB<http://nematode.lab.nig.ac.jp>で公開し、これをもとにした共同研究を世界中で進めた。
・glp-1母性mRNAの翻訳制御メカニズムについて、gld-1,pos-1,spn-4などの複数遺伝子の組み合わせとポリA鎖の伸長によるfine tuningの機構を解析した。
・初期発生の細胞配置パターンがC.eleganとは異なる近縁線虫Diploscapter sp.についてcDNAライブラリーを構築し、EST約7万本から約10,000種に分類でき、約5,800種についてC.elegans,C.briggsaeとのオルソログが見出された。初期発生に重要な遺伝子をそろえるために、薄い(1X)ホールゲノムショットガンシーケンシングをおこない、追加約1,000のホモログを得た。発現パターンについてC.elegansとの比較を進めている。
・細胞の形状を力学モデルによって構成した胚発生シミュレータ(原腸陥入期の26細胞期まで)を構築し、中心体の動きなどをより正確に再現するような条件を求めた。
2)生物発生のコンピュータシミュレーション
・模様形成遺伝子のひとつレオパードをクローン化した。
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Research Products
(3 results)
