2001 Fiscal Year Annual Research Report

メガサテライトDNAの進化

Research Project

Project/Area Number	12640603
Research Institution	RIKEN
Principal Investigator	権藤洋一理化学研究所, 個体遺伝情報研究チーム, チームリーダー(研究職) (40225678)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	高橋亮理化学研究所, 個体遺伝情報研究チーム, リサーチアソシエイト(研究職) (50342811) 櫻庭喜行理化学研究所, 個体遺伝情報研究チーム, リサーチアソシエイト(研究職) (00342791) 瀬筒秀樹理化学研究所, 固体遺伝情報研究チーム, 研究員 (70342805)
Keywords	ゲノム / 反復配列 / サテライトDNA / 超可変性 / 進化 / ジーンコンバージョン / 高等動物 / 脱ユビキチン化酵素
Research Abstract	RS447メガサテライトDNAはヒト4p15に20〜100コピータンデム反復し多型と変動に富む。RS447単位長4746bpに1590bpのORFがあり脱ユビキチン化酵素USP17をコードし、少なくとも哺乳動物種によく保存されていた。以上より本研究では、ゲノム進化研究と実験解析のためのモデル系開発も視野に入れ、単離していたチャイニーズハムスター、ラットのRS447相同配列の解析とヒトRS447導入マウスの系統化を試みた。データベースのマウスDUB-1、-2配列も加え比較したところ、ヒトとの相同性はどの種もほぼ60%と同等である。反復数はチャイニーズハムスター75コピー、ラット10コピー、マウスではともに1コピーである。99.3%以上の種内相同性がありながら種間ではマウス-ラット間の77%が最も高く協調進化の可能性をすでに指摘した。ヒトでは第4染色体にほとんど並び8番にも数コピーある。ラットは中期染色体FISHとマッピングから第1染色体のみにタンデムに存在した。マウスDUB-1,-2はともに第7染色体と報告されている。マウス7番とラット1番はシンテニー領域があるがヒト4pには知られていないので新しい発見の可能性が高い。ヒトRS447をタンデム導入したトランスジェニックマウスではトランスジーンの遺伝性が低くホモ接合体は未だ得られていない。タンデム構造のRS447配列がマウスに何からの有害な作用をしていることを示唆する。ヒトではアンチセンス側の転写が認められ、とくに脳において顕著であった。ラットでは脾臓で強い転写が確認できたのみでアンチセンスを含めヒトにおける発現と異なっている。authologかparalogかの確認が必要となった。今後、体細胞レベルで高頻度変動を示すマウスp^<un>変異の解析などとも合わせゲノム変動と進化の関係をさらに解明する系となることが期待される。

Research Products

(10 results)

All Other

All Publications (10 results)

[Publications] T.Okada, Y.Gondo, J.Goto, I.Kanazawa, S.Hadano, J.-E.Ikeda: "Unstable transmission of the RS447 human megasallite trandem repetitive sequence that contains the USP17 deubiquitinating enzymc gene"Human Genctics. (in press). (2002)
[Publications] K.Shiraishi, T.Shimura, M.Taga, N.Uematsu, Y.Gondo, M.et al.: "Persistent induction of somatic reversions of the pink-eyed unstable mutation in F1 mice born to futhers at the spermatozoa stage"Radiation Research. (in press). (2002)
[Publications] N.Matsuyama, S.Hadano, K.Onoe, H.Osuga, Y.Gondo, et al.: "Identification and characterization of the miniature pig Huntington's disease gene homolog : evidence for conservation and polymorphism in the CAG triplet repeat"Genomics. 69. 72-85 (2000)
[Publications] Y.Saitoh, N.Miyamoto, T.Okada, Y.Gondo, et al.: "The RS447 human megasatellite tandem repetitive sequence encodes a novel deubiquitinating enzyme with a functional promoter"Genomics. 67. 291-300 (2000)
[Publications] K.Ise, K.Nakamura, K.Nakao, S.Shimizu, H.Harada, Y.Gondo et al.: "Targeted deletion of the H-ras gene decreases tumor formation in mouse skin carcinogenesis"Oncogene. 19. 2951-2956 (2000)
[Publications] H.Murai, S.Takeuchi, Y.Nakatsu, M.Ichikawa, M.Yoshino, Y.Gondo et al.: "Studies of in vivo mutations in rpsL transgene in UVB-irradiated epidermis of XPA-deficient mice"Mutation Research. 450. 181-192 (2000)
[Publications] Yoshiyuki Shioyama, Yoichi Gondo, Kazuki Nakao, Motoya Katsuki: "Different mutation frequencies and spectra among organs by N-methyl-N-nitrosourea in rpsL (strA) transgenic mice"Jpn. J. Cancer Res.. 91. 482-491 (2000)
[Publications] S.Sunahara, K.Nakamura, K.Nakao, Y.Gondo, Y.Nagata, M.Katsuki: "The Oocyte-specific methylated region of the U2afbp-rs/U2af1-rs1 gene is dispensable for its imprinted methylation"Biochem. Biophys. Res. Commun.. 268. 590-595 (2000)
[Publications] S.Nakamura, H.Ikehara, J.Komura, Y.Hosoi, H.Inoue, Y.Gondo, et al.: "Radiation-induced mutations in the spleen and brain of lacZ transgenic mice"Int. J. Radiation Biol.. 76. 431-440 (2000)
[Publications] Y.Gondo: "Knowledge-based intelligent information engineering systems & allied technologies KES'2001"Bioinformatics for the large-scale mouse mutagenesis project.. 5 (2001)

2001 Fiscal Year Annual Research Report

メガサテライトDNAの進化

Principal Investigator

権藤 洋一 理化学研究所, 個体遺伝情報研究チーム, チームリーダー(研究職) (40225678)

Research Products

[Publications] T.Okada, Y.Gondo, J.Goto, I.Kanazawa, S.Hadano, J.-E.Ikeda: "Unstable transmission of the RS447 human megasallite trandem repetitive sequence that contains the USP17 deubiquitinating enzymc gene"Human Genctics. (in press). (2002)

[Publications] K.Shiraishi, T.Shimura, M.Taga, N.Uematsu, Y.Gondo, M.et al.: "Persistent induction of somatic reversions of the pink-eyed unstable mutation in F1 mice born to futhers at the spermatozoa stage"Radiation Research. (in press). (2002)

[Publications] N.Matsuyama, S.Hadano, K.Onoe, H.Osuga, Y.Gondo, et al.: "Identification and characterization of the miniature pig Huntington's disease gene homolog : evidence for conservation and polymorphism in the CAG triplet repeat"Genomics. 69. 72-85 (2000)

[Publications] Y.Saitoh, N.Miyamoto, T.Okada, Y.Gondo, et al.: "The RS447 human megasatellite tandem repetitive sequence encodes a novel deubiquitinating enzyme with a functional promoter"Genomics. 67. 291-300 (2000)

[Publications] K.Ise, K.Nakamura, K.Nakao, S.Shimizu, H.Harada, Y.Gondo et al.: "Targeted deletion of the H-ras gene decreases tumor formation in mouse skin carcinogenesis"Oncogene. 19. 2951-2956 (2000)

[Publications] H.Murai, S.Takeuchi, Y.Nakatsu, M.Ichikawa, M.Yoshino, Y.Gondo et al.: "Studies of in vivo mutations in rpsL transgene in UVB-irradiated epidermis of XPA-deficient mice"Mutation Research. 450. 181-192 (2000)

[Publications] Yoshiyuki Shioyama, Yoichi Gondo, Kazuki Nakao, Motoya Katsuki: "Different mutation frequencies and spectra among organs by N-methyl-N-nitrosourea in rpsL (strA) transgenic mice"Jpn. J. Cancer Res.. 91. 482-491 (2000)

[Publications] S.Sunahara, K.Nakamura, K.Nakao, Y.Gondo, Y.Nagata, M.Katsuki: "The Oocyte-specific methylated region of the U2afbp-rs/U2af1-rs1 gene is dispensable for its imprinted methylation"Biochem. Biophys. Res. Commun.. 268. 590-595 (2000)

[Publications] S.Nakamura, H.Ikehara, J.Komura, Y.Hosoi, H.Inoue, Y.Gondo, et al.: "Radiation-induced mutations in the spleen and brain of lacZ transgenic mice"Int. J. Radiation Biol.. 76. 431-440 (2000)

[Publications] Y.Gondo: "Knowledge-based intelligent information engineering systems & allied technologies KES'2001"Bioinformatics for the large-scale mouse mutagenesis project.. 5 (2001)

権藤洋一理化学研究所, 個体遺伝情報研究チーム, チームリーダー(研究職) (40225678)