DNAマイクロアレイ法を用いた遺伝子発現解析による新しい口腔癌の診断法の開発

2000 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 12671929
• Research Institution: Niigata University
• Principal Investigator: 永田 昌毅 新潟大学, 歯学部, 助手 (10242439)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 星名 秀行 新潟大学, 歯学部・附属病院, 講師 (30173587) ; 朔 敬 新潟大学, 歯学部, 教授 (40145264) ; 高木 律男 新潟大学, 歯学部, 教授 (20143795) ; 藤田 一 新潟大学, 歯学部, 助手 (60271805) ; 依田 浩子(米持 浩子) 新潟大学, 歯学部, 助手 (60293213)
• Keywords: 口腔癌 / マイクロアレイ / 遺伝子発現 / 診断法

Research Abstract

1.研究機関内での腫瘍検体の収集のための組織構築:手術室等での腫瘍組織の切除、組織の切り出し、固定操作、RNA抽出と精製、保存とデータファイルの作成といった一連の作業、計画の組織的実施のための打ち合わせを行い、期間内に新潟大学歯学部附属病院において行われた口腔腫瘍の生検と手術のほとんどに対し計画を実行した。現在は日々腫瘍検体が集まってきている。平成12年度の期間で約40症例の検体を収集した。
2.実験操作及び条件の最適化:腫瘍組織からのRNA抽出操作を行った。当初OD260/280値、RNA変性ゲルでの品質検定を行いtotal RNAの抽出条件を検討した。mRNAはoligo dTビーズを用いて精製した。これらの結果を総合してRNA増幅操作なしで行うマイクロアレイ解析に必要な最低組織量とRNA精製法について一定のレジメンを作成した。
3.分析委託:12検体の委託分析を実施した。分析は宝酒造株式会社DNA機能解析センターに腫瘍組織mRNAを送付し、同社のHuman Cancer Chip v2.1を使用した。これによって得られた画像データはバックグラウンドのレベルも低く、シグナル強度も十分解析が可能な質であった。
4.データ解析(進行中):コンピュータでの画像データの定量を行い、今のところ一定の所見をまとめるに至っていない。正常粘膜に対する発現比を3倍以上と1/3以下で選定すると1分析あたり十数個の遺伝子が見出されている。今後はその中から共通性のあるもの、あるいは転移などの臨床所見、浸潤様式などの組織型と関連が見出されるものについて検討を進める予定である。
5.RNA増幅法の試行:特に生検試料など組織量が少なく増幅なしではマイクロアレイ解析ができなかったものについてRNA増幅法の試行を準備している。