2000 Fiscal Year Annual Research Report
修復酵素AlkAの損傷塩基を含むDNA認識様式の解析
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12771388
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
上野 義仁 北海道大学, 大学院・薬学研究科, 助手 (20250467)
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| Keywords | 修復酵素 / オリゴヌクレオチド / 損傷塩基 / X-線結晶構造解析 / DNA合成 / 水素結合 / 二本鎖核酸 / ポリメラーゼ |
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| Research Abstract |
修復酵素AlkA(E.coli 3-methyladenine DNA glycosylase II)は、3-methyl-2'-deoxyadenosine、7-methyl-2'-deoxyguanosine、5-formyl-2'-deoxyuridine(fdU)、N6-etheno-2'-deoxyadenosineなどの損傷ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドを基質にすることが知られている。本年度はfdUをDickerson配列中に含むオリゴヌクレオチド(5'-CGCGAATfdUCGCG-3')の合成およびそのX-線結晶構造解析、5-formyl-2'-deoxycytidine(fdC)を含むオリゴヌクレオチドの合成と、その性質について検討した。fdUおよびfdCを含むオリゴヌクレオチドの合成は5-(1,2-dihydroxy)-2'-deoxyuridineおよび5-(1,2-dihydroxy)-2'-deoxycytidineを含むオリゴヌクレオチドを合成した後に、これらを過ヨウ素酸ナトリウムで酸化することで合成した。その結果、Dickerson型DNA二本鎖(5'-CGCGAATfdUCGCG-3'/3'-GCGCfdUTAAGCGC-5')中でfdUはAdenine塩基とWatson-Crick型の水素結合を形成していることを明らかにした。fdCがアデニン、チミン、シトシン塩基と対を形成した場合、二本鎖DNAの熱的安定性は大きく低下することを明らかにした。また、fdCを含むオリゴヌクレオチドをテンプレートとして、大腸菌DNAポリメラーゼIのKlenow fragmentによる鎖伸長反応について検討したところ、fdCに対してdGMPが取り込まれにくくなっていること、TMPの取り込み頻度が上昇すること、配列によってはdAMPの取り込み頻度が上昇することを明らかにした。
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Research Products
(4 results)
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[Publications] M.Kanazaki et al.: "Highly nuclease-resistant phosphodiester-type oligonucleotides containing 4'α-C-aminoalkylthymidines form thermally stable duplexes with DNA and RNA. A candidate for potential antisense molecules"J.Am.Chem.Soc.. 122. 2422-2432 (2000)
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[Publications] Y.Ueno et al.: "Synthesis of oligodeoxynucleotides containing 6'α-[N-(aminoalkyl)carbamoyl]-carbocyclic-thymidines and the thermal stability of the duplexes and their nuclease-resistance properties"Bioconjugate Chem.. 11. 933-940 (2000)
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[Publications] Y.Ueno et al.: "Introduction of lipophilic groups into 4'α-C-(2-aminoethyl)thymidine-containing phosphodiester oligodeoxynucleotides and thermal stabilities of the duplexes"Tetrahedron. 56. 7903-7907 (2000)
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[Publications] M.Tsunoda et al.: "Crystallization and preliminary X-ray analysis of a DNA dodecamer containing 2'-deoxy-5-formyluridine ; what is the role of magnesium cation in crystallization of Dickerson-type DNA dodecamers?"Acta Cryst.D Biol.Crystallogr.. 57. 345-348 (2001)
