2012 Fiscal Year Annual Research Report
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12J10853
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
ウォンワランカナ チャニンヤー 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特別研究員(DC2)
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| Keywords | miRNAs / メダカ / トラフグ / 次世代シーケンサー / SmallRNAs / ncRNAs |
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| Research Abstract |
魚類小分子RNAの配列情報を得るため、成体トラフグの速筋、遅筋、消化管、眼、脳、心臓、肝臓、卵巣および精巣からRNAを抽出し、小分子RNAを分画後、cDNAライブラリーを構築した。これらcDNAライブラリーをSOLiD 3を用いたシーケンシングに供した結果、36塩基、138,786,706リードの配列情報を得た。ここから精度の低い配列情報やアダプター配列を除去した結果、1-35塩基、50,653,035リードの小分子RNAの配列情報を得た。組織別の小分子RNAのサイズの分布を調べたところ、組織によってその分布には違いがあることが明らかになった。速筋、遅筋、消化管、眼、脳、心臓および肝臓では～22塩基のものが多く、精巣と卵巣では26-28塩基のものが多かった。これは体細胞ではmiRNAが主要な小分子RNAとして働いており、生殖細胞ではpiRNAが特異的に働いていることを示唆する。我々は、約500個のトラフグmiRNAsを同定した。その中で少なくとも40個のトラフグmiRNAsは魚類で初めて同定された。多くのmiRNAsは各組織の間で発見が確認されたが、いくつかのmiRNAsは組織特異的な発見が確認された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
次世代シーケンサーにより得られた膨大な量のデータをバイオインフォマティクスを用いて解析した。既に解析用のプログラミングは行っていたが、さらなるデータ解析のためにより複雑な方法でプログラムを組み立てた。
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| Strategy for Future Research Activity |
1.それぞれの魚器官と発達段階におけるmiRNAの発現レベルを明らかにするために、miRNA発現プロフィールを作成します。
2.個々miRNAの標的を探索する目的で、トラフグとメダカの3'UTRシーケンスを新しいmiRNAのためにアンチセンスmiRNAシーケンスとブラスト検索で照合します。
3.筋肉由来、高成長、免疫、そして様々な魚の実用的な形質に関わるsmall RNAsの機能を明らかにするために、miRNAの産物を全部ブロックし、そしてそのmiRNAの標的遺伝子の発現にどのように影響するかを調べます。
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Research Products
(3 results)
