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2004 Fiscal Year Annual Research Report

RNA情報発現系の時空間ネットワーク

Research Project

Project/Area Number 13051101
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

中村 義一  東京大学, 医科学研究所, 教授 (40114590)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 野本 明男  東京大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (70112670)
松藤 千弥  東京慈恵会医科大学, 医学部, 教授 (50192753)
坂本 博  神戸大学, 理学部, 教授 (00187048)
塩見 春彦  徳島大学, ゲノム機能研究センター, 教授 (60202107)
渡辺 公綱  生物情報解析研究センター, センター長(研究職) (00134502)
KeywordsRNA / ネットワーク / RNA蛋白質複合体 / 高次複合機能 / 分子擬態 / ポストゲノム / 転写後調節 / 翻訳調節
Research Abstract

本領域は総括班と4つの計画研究班及び公募研究から構成され、緊密な連絡の下に領域全体および各班の研究目標を達成するように推進された。各研究班の研究成果の概要は以下の通りである。
(総括班)1)総括班会議を平成16年8月8日(於熊本市)と平成17年1月7日(於三島市)に開催した。2)公開シンポジウムを平成16年8月8日(於熊本市)に開催した。3)中間評価のために全班員の業績評価ならびに計画項目の再検討を行い中間評価報告書を作成、ヒアリング審査をうけた。4)中間評価は最高点「A」の判定であった。5)合同班会議を平成17年1月6〜8日(於三島市)に開催した。6)RNA Network Newsletter第5、6号を発行し、メディアを含む関係方面へ各2000部配送し、領域研究の啓蒙を行った。7)ニュースレターが(財)日本Graphic Service工業会主催の平成16年度印刷機材連合会会長賞を受賞した。
(A01班・RNPマシーン)RNPマシーンに関する構造生物学的な解析が進展、特に、リボソームの機能解析や多数のRNA結合性タンパク質の構造解析及び相互作用機序に関する解析が予定通り、あるいはそれを上回る速度で進捗した。分子擬態に関する理解が一層進み、ペプチドアンチコドン説が確立したことは特筆したい。
(A02班・RNA制御スイッチ)翻訳調節を中心とするRNAシグナルと制御因子との相互作用に関して、各種の生物系ならびに遺伝子系でユニークな解析システムが設営され解析が進展した。
(A03班・動くRNA)RNAやRNA結合タンパク質の核・細胞質間輸送を制御する分子機構、選択的スプライシングなどのRNA情報多様化機構、及びRNAの局在化を制御する分子機構に焦点を当てた本研究項目では、4つの計画研究において当初の計画が概ね予定通り進展した。
(A04班・高次複合系RNA動態)、脆弱X症候群の分子機序をショウジョウバエの遺伝学及び生化学を用いて行なって研究により、ショウジョウバエ脆弱X相同遺伝子(dFMR1)を欠失したハエが概日リズムの異常と記憶障害を示すことも見出した。同時に、生化学的解析によりdFMR1タンパク質がRNAi必須因子AGO2を含むRNAi/miRNA分子装置に組み込まれた因子であることを明らかにした。これは「RNAi分子装置の異常による疾患」というヒト分子遺伝学の全く新しい領域を開くさきがけとして高く評価され、RNAi/miRNA分子経路が脳神経系の機能と形態形成に関与している可能性が明らかになった。

  • Research Products

    (44 results)

All 2005 2004

All Journal Article (41 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] NMR structures of double loops of an RNA aptamer against mammalian initiation factor 4A.2005

    • Author(s)
      Sakamoto, T.
    • Journal Title

      Nucl.Acids Res. 33

      Pages: 745-754

  • [Journal Article] High affinity RNA for mammalian initiation factor 4E interferes with mRNA-cap binding and inhibits translation.2005

    • Author(s)
      Mochizuki, K.
    • Journal Title

      RNA 11

      Pages: 77-89

  • [Journal Article] Identification of components of RNAi pathways using the Tandem Affinity Purification (TAP) method.2005

    • Author(s)
      Siomi, MC.
    • Journal Title

      Methods in Mol.Biol. 309(in press)

  • [Journal Article] Crystal structure and functional analysis of the eukaryotic class II release factor eRF3 from S.Pombe.2004

    • Author(s)
      Kong, C.
    • Journal Title

      Mol.Cell 14

      Pages: 233-245

  • [Journal Article] Ribosome recycling factor disassembles the posttermination ribosomal complex independent of the ribosomal translocase activity of elongation factor G.2004

    • Author(s)
      Fujiwara, T.
    • Journal Title

      Mol.Microbiol. 53

      Pages: 517-528

  • [Journal Article] Heterologous expression of Aquifex aeolicus ribosome recycling factor in Escherichia coli is dominant lethal by forming a complex that lacks functional coordination for ribosome disassembly.2004

    • Author(s)
      Yamami, T.
    • Journal Title

      Mol.Microbiol. 55

      Pages: 150-160

  • [Journal Article] Transient idling of posttermination ribosomes ready to reinitiate protein synthesis.2004

    • Author(s)
      Karamyshev, A.L.
    • Journal Title

      Biochimie 86

      Pages: 933-938

  • [Journal Article] Altered expression profiles of microRNAs during TPA-induced differentiation of HL-60 cells.2004

    • Author(s)
      Kasashima, K.
    • Journal Title

      Biochem.Biophys.Res.Commun. 322

      Pages: 403-410

  • [Journal Article] RNA aptamers selected against the receptor activator of NF-kappaB acquire general affinity to proteins of the tumor necrosis factor receptor family.2004

    • Author(s)
      Mori, T.
    • Journal Title

      Nucl.Acids Res. 32

      Pages: 6120-6128

  • [Journal Article] TAP/NXF1, the primary mRNA export receptor, specifically interacts with a neuronal RNA-binding protein HuD.2004

    • Author(s)
      Saito, K.
    • Journal Title

      Biochem.Biophys.Res.Commun. 321

      Pages: 291-297

  • [Journal Article] RBD-1, a nucleolar RNA-binding protein, is essential for Caenorhabditis elegans early development through 18S ribosomalRNA processing.2004

    • Author(s)
      Saijou, E.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res. 32

      Pages: 1028-1036

  • [Journal Article] Ce-Y14 and MAG-1, components of the exon-exon junction complex, are required for embryogenesis and germline sexual switching in Caenorhabditis elegans.2004

    • Author(s)
      Kawano, T.
    • Journal Title

      Mech.Dev.R. 121

      Pages: 27-35

  • [Journal Article] Crystal structures of the CP1 domain from Thermus thermophilus isoleucyl-tRNA synthetase and its complex with L-valine2004

    • Author(s)
      R.Fukunaga
    • Journal Title

      J.Biol.Chem. 279(9)

      Pages: 8396-8402

  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray analysis of the helicase domains of Vasa complexed with RNA and an ATP analogue2004

    • Author(s)
      T.Sengoku
    • Journal Title

      Acta Crystallogr.D Biol.Crystallogr. 60(2)

      Pages: 320-322

  • [Journal Article] Site-Specific In corporation of a Photo-Crosslinking Component into RNA by T7 Transcription Mediated by Unnatural Base Pairs2004

    • Author(s)
      M.Kimoto
    • Journal Title

      Chem.Biol. 11(1)

      Pages: 47-55

  • [Journal Article] Effects of Escherichia coil ribosomal protein S12 Mutations on Cell-Free Protein Synthesis2004

    • Author(s)
      N.Chumpolkulwong
    • Journal Title

      Eur.J.Biochem. 271(6)

      Pages: 1127-1134

  • [Journal Article] A short peptide insertion crucial for angiostatic activity of human tryptophanyl-tRNA synthetase2004

    • Author(s)
      Y.Kise
    • Journal Title

      Nat.Struct.Mol.Biol. 11(2)

      Pages: 149-156

  • [Journal Article] Structural Basis for Substrate Selection by T7 RNA Polymerase2004

    • Author(s)
      D.Temiakov
    • Journal Title

      Cell 116(3)

      Pages: 381-391

  • [Journal Article] The novel mutation K87E in ribosomal protein S12 enhances protein synthesis activity during the late growth phase in Escherichia coli2004

    • Author(s)
      T.Hosaka
    • Journal Title

      Mol.Genet.Genomics 271(3)

      Pages: 317-324

  • [Journal Article] Crystal Structure of the GTP-binding Protein Obg from Thermus thermophilus HB82004

    • Author(s)
      M.Kukimoto-Niino
    • Journal Title

      J.Mol.Biol. 337(7)

      Pages: 761-770

  • [Journal Article] Deep Knot Structure for Construction of Active Site and Cofactor Binding Site of tRNA Modification Enzyme2004

    • Author(s)
      O.Nureki
    • Journal Title

      Structure 12(4)

      Pages: 593-602

  • [Journal Article] Structural Basis for Transcription Regulation by Alarmone ppGpp2004

    • Author(s)
      I.Artsimovitch
    • Journal Title

      Cell 117(3)

      Pages: 299-310

  • [Journal Article] Unnatural base pairs mediate the site-specific incorporation of an unnatural hydrophobic component into RNA transcripts2004

    • Author(s)
      M.Endo
    • Journal Title

      Bioorg.Med.Chem.Lett. 14(10)

      Pages: 2593-2596

  • [Journal Article] Structural and sequence comparisons arising from the solution structure of the transcription elongation factor NusG from Thermus thermophilus2004

    • Author(s)
      P.Reay
    • Journal Title

      Proteins 56(1)

      Pages: 40-51

  • [Journal Article] Crystal structure of elongation factor P from Thermus thermophilus HB82004

    • Author(s)
      K.Hanawa-Suetsugu
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(26)

      Pages: 9595-9600

  • [Journal Article] In vitro selection of RNA aptamers that bind to colicin E3 and structurally resemble the decoding site of 16S ribosomal RNA2004

    • Author(s)
      I.Hirao
    • Journal Title

      Biochemistry 43(11)

      Pages: 3214-3221

  • [Journal Article] tRNA recognition by glutamyl-tRNA reductase2004

    • Author(s)
      L.Randau
    • Journal Title

      J.Biol.Chem 279

      Pages: 34931-34937

  • [Journal Article] Solution structure of the RWD domain of the mouse GCN2 protein2004

    • Author(s)
      N.Nameki
    • Journal Title

      Protein sci. 13(8)

      Pages: 2089-2100

  • [Journal Article] The Escherichia coli argU10 (Ts) phenotype is caused by a reduction in the cellular level of the argUt RNA for the rare codons AGA and AGG2004

    • Author(s)
      K.Sakamoto
    • Journal Title

      J.Bacteriol. 186

      Pages: 5899-5905

  • [Journal Article] Crystal structure of ribosomal protein L27 from Thermus thermophilus HB82004

    • Author(s)
      H.Wang
    • Journal Title

      Protein Sci. 13

      Pages: 2806-2810

  • [Journal Article] Regulation through the Secondary Channel-Structural Framework for ppGpp-DksA Synergism during Transcription2004

    • Author(s)
      A.Perederina
    • Journal Title

      Cell 118(3)

      Pages: 297-309

  • [Journal Article] Distinct roles for Argonaute proteins in small RNA-directed RNA cleavage pathways.2004

    • Author(s)
      Okamura, K.
    • Journal Title

      Genes & Development 18

      Pages: 1655-1666

  • [Journal Article] RNA Interference : A New Mechanism by Which FMRP Acts in the Normal Brain? - What can Drosophila teach us?2004

    • Author(s)
      Siomi, H.
    • Journal Title

      MRDDR review 10

      Pages: 68-74

  • [Journal Article] Functional compatibility of elongation factors between mammalian mitochondrial and bacterial ribosomes : Characterization of GTPase activity and translation elongation by hybrid ribosomes bearing heterologous L7/L12 proteins.2004

    • Author(s)
      Terasaki, M.
    • Journal Title

      J.Mol.Biol. 336

      Pages: 331-342

  • [Journal Article] Glimpses of transitions from the RNA world to the RNP world in protein compensation for RNA deficit in animal mitochondrial translation systems.2004

    • Author(s)
      Suzuki, T.
    • Journal Title

      Endocytobiosis Cell Research 15

      Pages: 110-122

  • [Journal Article] RNAとゲノム・特集にあたって2004

    • Author(s)
      中村義一
    • Journal Title

      「RNAとゲノム」(中村義一編)、ゲノム医学 4

      Pages: 360-361

  • [Journal Article] RNAとゲノム・概論2004

    • Author(s)
      大内将司, 中村義一
    • Journal Title

      「RNAとゲノム」(中村義一編)、ゲノム医学 4

      Pages: 365-370

  • [Journal Article] RNAルネッサンス2004

    • Author(s)
      中村義一, 塩見春彦
    • Journal Title

      「躍進するRNA研究」(中村義一, 塩見春彦編)、実験医学 22

      Pages: 2368-2377

  • [Journal Article] RNAアプタマーの応用展開2004

    • Author(s)
      小黒明広, 中村義一
    • Journal Title

      「躍進するRNA研究」(中村義一, 塩見春彦編)、実験医学 22

      Pages: 2529-2533

  • [Journal Article] RNAとプリオン2004

    • Author(s)
      Colin G.Crist, 小玉裕之, 中村義一
    • Journal Title

      「躍進するRNA研究」(中村義一, 塩見春彦編)、実験医学 22

      Pages: 2573-2581

  • [Journal Article] 翻訳終結機構2004

    • Author(s)
      伊藤耕一
    • Journal Title

      「躍進するRNA研究」(中村義一, 塩見春彦編)、実験医学 22

      Pages: 2408-2412

  • [Book] In Nuclear Import and Export in Plants and Animals. (ed., Tzfira, T and Citovsky, V.)2005

    • Author(s)
      Taura, T.
    • Total Pages
      14
    • Publisher
      Landes Bioscience, New York
  • [Book] 生命科学(柳田充弘, 佐藤文彦, 石川冬木編)2004

    • Author(s)
      小黒明広, 中村義一
    • Total Pages
      9
    • Publisher
      東京化学同人
  • [Book] ヒトゲノム(榊佳之他編)、Molecular Medicine2004

    • Author(s)
      大内将司, 中村義一
    • Total Pages
      12
    • Publisher
      中山書店

URL: 

Published: 2006-07-12   Modified: 2016-04-21  

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