2003 Fiscal Year Annual Research Report

アプリケーションに適応した分散共有記憶方式を実現する並列プログラミング環境の開発

Research Project

Project/Area Number	13680396
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	清水謙多郎東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
Keywords	並列プログラミング環境 / 分散共有記憶 / 科学技術計算 / 生命情報科学 / バイオインフォマティクス / データー貫性制御
Research Abstract	多様な並列・分散システムのハードウェア基盤に対し、分散する様々な計算機資源を有効に利用し、利用者がハードウェア基盤の多様性を意識しないで分散するデータを効率的に共有することのできる並列プログラミング環境を開発した。本ソフトウェアは、(1)大域的なデータの管理を行い、データを利用者の指定やシステムの自動的な割当てによって配置する資源管理システム、(2)共有メモリに基づくプログラミングモデルを提供する並列プログラミング環境、(3)その上に実現される大域的配列(行列)操作ライブラリから構成される。本研究では、現実の利用を考え、共有データ領域へのアクセスに関する部分以外は、既存のプログラムの変更がほとんど必要ないようにした。また、データの配置や複製の作成について、資源管理機構を実現し、それらの半自動化を図った。本ソフトウェアでは、各ノードが巨大な配列の部分的なレプリカを保持することにより、効率的なデータ共有を実現する。レプリカは互いに重複して保持することができ、しかも動的にその範囲を変更できるようにしている。そのため、重複部分のデータ管理には、申請者らが開発したグループメンバシッププロトコルを採用し、非同期に封鎖することなく、レプリカの維持・管理が行えるようにした。さらに、本研究では、動的なプロセス(タスク)の生成とプロセッサの割当て、プロセス間の同期(とくに分散メモリ環境におけるデータ転送と条件同期を統合した基本命令、集約演算のための新しい基本命令)についても、その基本的な機能を実現し、上に述べたデータ管理機構と合わせて、統合的な並列プログラミング環境を構築した。

Research Products

(7 results)

All Other

All Publications (7 results)

[Publications] 野本享: "Distributed shared arrays : Portable shared memory programming interface for multiple computer systems"Proceedings of the 2004 Symposium on Applications & the Internet. 630-636 (2004)
[Publications] 石田貴士: "Development of an ab initio protein structure prediction system ABLE"Proceedings of the 14th International Conference on Genome Informatics (GIW 2003). 228-237 (2003)
[Publications] 金子済: "Design and implementation of a parallel programming environment based on distributed shared arrays"Proceedings of the fifth International Symposium on High Performance Computing, Lecture Notes in Computer Science. LNCS 2858. 402-411 (2003)
[Publications] 河野健二: "資源濫用攻撃に耐性のある資源管理方式"情報処理学会ACS論文誌. 74. 818-828 (2003)
[Publications] 塚本弘毅: "SAM1 semiempirical calculations on the catalytic cycle of nitric oxide reductase from Fusarium oxysporum"Journal of Molecular Structure : THEOCHEM. 624. 309-322 (2003)
[Publications] 野本享: "Distributed shared arrays : Portable shared-memory programming interface for multiple computer systems"Journal of Computer Software and Communications. 7. 65-72 (2003)
[Publications] 坂村健: "大人のための「情報」教科書"数研出版. 278 (2003)

2003 Fiscal Year Annual Research Report

アプリケーションに適応した分散共有記憶方式を実現する並列プログラミング環境の開発

Principal Investigator

清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)

Research Products

[Publications] 野本 享: "Distributed shared arrays : Portable shared memory programming interface for multiple computer systems"Proceedings of the 2004 Symposium on Applications & the Internet. 630-636 (2004)

[Publications] 石田 貴士: "Development of an ab initio protein structure prediction system ABLE"Proceedings of the 14th International Conference on Genome Informatics (GIW 2003). 228-237 (2003)

[Publications] 金子 済: "Design and implementation of a parallel programming environment based on distributed shared arrays"Proceedings of the fifth International Symposium on High Performance Computing, Lecture Notes in Computer Science. LNCS 2858. 402-411 (2003)

[Publications] 河野 健二: "資源濫用攻撃に耐性のある資源管理方式"情報処理学会ACS論文誌. 74. 818-828 (2003)

[Publications] 塚本 弘毅: "SAM1 semiempirical calculations on the catalytic cycle of nitric oxide reductase from Fusarium oxysporum"Journal of Molecular Structure : THEOCHEM. 624. 309-322 (2003)

[Publications] 野本 享: "Distributed shared arrays : Portable shared-memory programming interface for multiple computer systems"Journal of Computer Software and Communications. 7. 65-72 (2003)

[Publications] 坂村 健: "大人のための「情報」教科書"数研出版. 278 (2003)

清水謙多郎東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)

[Publications] 野本享: "Distributed shared arrays : Portable shared memory programming interface for multiple computer systems"Proceedings of the 2004 Symposium on Applications & the Internet. 630-636 (2004)

[Publications] 石田貴士: "Development of an ab initio protein structure prediction system ABLE"Proceedings of the 14th International Conference on Genome Informatics (GIW 2003). 228-237 (2003)

[Publications] 金子済: "Design and implementation of a parallel programming environment based on distributed shared arrays"Proceedings of the fifth International Symposium on High Performance Computing, Lecture Notes in Computer Science. LNCS 2858. 402-411 (2003)

[Publications] 河野健二: "資源濫用攻撃に耐性のある資源管理方式"情報処理学会ACS論文誌. 74. 818-828 (2003)

[Publications] 塚本弘毅: "SAM1 semiempirical calculations on the catalytic cycle of nitric oxide reductase from Fusarium oxysporum"Journal of Molecular Structure : THEOCHEM. 624. 309-322 (2003)

[Publications] 野本享: "Distributed shared arrays : Portable shared-memory programming interface for multiple computer systems"Journal of Computer Software and Communications. 7. 65-72 (2003)

[Publications] 坂村健: "大人のための「情報」教科書"数研出版. 278 (2003)