2001 Fiscal Year Annual Research Report
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13680445
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
松田 秀雄 大阪大学, 大学院・基礎工学研究科, 助教授 (50183950)
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| Keywords | 遺伝子発現解析 / 遺伝子相互作用 / 機能注釈 / マイクロアレイ / 遺伝子配列解析 / 代謝パスウェイ / cDNA / ゲノム情報解析 |
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| Research Abstract |
本年度は、次の研究を行った。
・遺伝子相互作用をモデル化するため、まず遺伝子の機能注釈付けを行うための手法を開発した。具体的には、理研ゲノム科学総合研究センターにて配列決定されたマウス完全長cDNA配列(配列数約21,000個)を配列相互の類似度によりクラスタリングし、その中で共通に保存されているモチーフ候補を探索し、その中からInterProなどの既存のデータベースに登録されているものを除くことで9個の新規モテーフ候補を得たが、そのうちの6個については既知遺伝子との相同性、染色体上の位置、タンパク質2次構造予測、膜貫通領域予測など種々の解析から機能注釈付けが行えた。
・マイクロアレイによる遺伝子発現解析を行った。理研ゲノム科学総合研究センターにて作製されたマウスcDNAマイクロアレイ(cDNA数約19,000個)により得られた、マウスの種々の発生時期や臓器での遺伝子の発現データのデータベースを開発するとともに、発現データのクラスタリングにより種々の発生時期や臓器特異性、代謝パスウェイに関与している一群の遺伝子を明らかにした。マイクロアレイデータから一連の遺伝子群の遺伝子機能を推定する研究はいたるところで進められているが、信頼できるcDNAの機能注釈づけがなされた理研マウスcDNAマイクロアレイを用いた本研究は機能関連づけが容易で、それらの遺伝子をもとにこれまで機能未知であった遺伝子を探すことが可能となった。
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Research Products
(6 results)
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[Publications] Y.Tohsato, H.Matsuda 他1名: "An Application of a Pathway Alignment Method to the Analysis of Metabolic Pathways"Research Communications in Biochemistry. (印刷中). (2002)
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[Publications] H.Kawaji, H.Matsuda 他5名: "Exploration of Novel Motifs derived from Mouse cDNA sequences"Genome Research. 12・3. 367-378 (2002)
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[Publications] H.Kawaji, H.Matsuda 他2名: "A Graph-based Clustering Method for a Large Set of Sequences using a Graph Partitioning Algorithm"Genome Informatics. 12. 93-102 (2001)
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[Publications] T.Kasukawa, H.Matsuda 他5名: "MaXML : Functional Annotation of Mouse cDNA Sequences in XML"Proceedings of Workshops on CORBA and XML : Towards a Bioinformatics Integrated Network Environment. 52-56 (2001)
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[Publications] 山脇晋吾, 松田秀雄 他3名: "主成分分析を用いた遺伝子発現データ検索結果の出力手法について"電子情報通信学会 第12回データ工学ワークショップ論文集. 4A-6. (2001)
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[Publications] 坊垣恭右, 松田秀雄 他3各: "遺伝子発現データのクラスタリング検索を行うXMLデータベースの構築"電子情報通信学会 第12回データ工学ワークショップ論文集. 5A-1. (2001)
