幾何構造を利用したクラスタリングによるcDNAの組織別発現パターン解析

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 13780590
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 竹中 要一 大阪大学, 情報科学研究科, 助教授 (00324830)
• Keywords: 遺伝子 / cDNA / 発現プロファイル / クラスタリング / バイオインフォマティクス

Research Abstract

DNAマイクロアレイ,DNAチップ等の生物工学上の技術の発展により,生物種や組織細胞等,実験条件の異なる様々な遺伝子発現プロファイルが大量に蓄積されつつある.そして,これらの膨大なデータから生物学的な情報を得るために,遺伝子の機能が類似しているもの毎に遺伝子発現プロファイルを分類することが求められている.本研究では,カーネル関数を用いて遺伝子発現プロファイルをユークリッド超空間上の座標に変換することによる遺伝子の機能解析を行った.
手法の有効性を検証するために,理化学研究所が作製したマウスの完全長cDNAに対応した発現プロファイル(49サンプルにおける約20000個の遺伝子の発現量)に対する解析を行った.その結果を,マウスの完全長cDNAを用いて遺伝子に機能注釈を行う国際共同研究であるFANTOM2(Functional Annotation of Mouse)の会議 1.Typhoon Meeting(2001/10/15〜10/19)及び2.Cherry Blossom Meeting(2002/4/29〜5/5)での発表を行った.また,注釈実務を行う遠隔会議3.FANTOM2 MATRICS (Mouse Annotation Teleconference for RIKEN cDNA Sequences)(2001/10/20〜2002/4/28)において本研究結果を利用した遺伝子の機能アノテーションを行った.これらの成果は,FANTOM Consortiumの業績として2002年12月のNatureに掲載されている.

Research Products

• [Publications] The FANTOM consortium and the RIKEN genome exploration research group Phase I & II team: "Analysis of the mouse transcriptome based upon functional annotation of 60,770 full length cDNAs"Nature. 420. 563-573 (2002)
• [Publications] Yoichi Takenaka: "A proposal of DNA computing on beads with application to SAT problems"Lecture note on computer science. 2340. 182-190 (2002)
• [Publications] Yoichi Takenaka: "DNA computing by competitive hybridization for maximum satisfiability problem"The 2002 IEEE world congress on computational intelligence, congress on evolutionary computation. 2002. 472-476 (2002)