フローサイトメトリーによるSNPs(1塩基多型)の検出法の開発

2001 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 13877027
• Research Category: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• Research Institution: Yamaguchi University
• Principal Investigator: 佐々木 功典 山口大学, 医学部, 教授 (80116722)
• Keywords: SNPs / フローサイトメトリー / DNA / ゲノム / フローアレイ / 蛍光

Research Abstract

テーラーメイド医療やゲノム創薬に欠かせない情報としてSingle nucleotide polymorphisms (SNPs)が注目されており、その検出法も様々なものが考案されている。しかし、それらの多くは手技が煩雑であったり、高価であったり、高額な特殊機械を必要とするものである。我々は、SNPsが臨床応用されるためには、タイピング法が一般病院で行えなければならないと考えている。そのためには検査自体が簡便、安価でなければならないと考え、本研究は複数のSNPsをhigh-throughputかつ簡便に検出する方法として、フローサイトメトリーを用いた検出法を確立することをめざしている。現時点において表面に短い合成DNAを固定させた直径5μm〜15μm程度のビーズを用いて、合成DNA中のSNPsを検出することに成功した。具体的にはビーズ上に固定したオリゴヌクレオチドプローブと完全に蛍光標識したサンプルDNAをハイブリダイズさせる。このときサンプルDNAがビーズ上のプローブDNAと完全に相補的であれば、両者は結合し、ビーズが蛍光を発することになる。相補的でなければビーズは蛍光を発さない。この蛍光量の差をフローサイトメーターで計測し、サンプルDNA中のSNPsの有無を検出することができた。(平成13年度、第60回癌学会にて報告。)同様のことは臨床現場への応用を目指して健常人ボランティアのDNAを用いた検討においても、可能である。今後は複数箇所のSNPsを同時に検出できる方法を検討していく予定である。

Research Products

• [Publications] Takeo S: "Examination of Oncogene Amplification by Genomic DNA microarray in Hepatocellular Carcinomas : Comparison with Comparative Genomic Hybridization Analysis."Cancer Genetics and Cytogenetics. 130・2. 127-132 (2001)
• [Publications] Kubota H: "Identification of recurrent chromosomal rearrangements and the unique relationship between low-level amplification and translocation in glioblastoma."Genes Chromosomes and Cancer. 31・2. 125-133 (2000)
• [Publications] Kawauchi s: "Low expression of p27(Kip1), a cyclin-dependent kinase inhibitor, is a marker of poor prognosis in synovial sarcoma."Cancer. 91・5. 1005-1012 (2001)