• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2015 Fiscal Year Annual Research Report

RNA複製子系及び細胞内における情報処理機構の進化シミュレーション

Research Project

Project/Area Number 13J06086
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

竹内 信人  東京大学, 総合文化研究科, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywords進化 / プロト細胞 / 遺伝子の起源 / 多階層進化 / 対称性の自発的破れ
Outline of Annual Research Achievements

本年度の目的は、プロト細胞(原始的細胞)モデルおいて複製分子の相補鎖間で起きる対称性の自発的破れについて、その仕組み明らかにし、またそれが持つ細胞への影響を明らかにする事であった。
我々が研究したモデルはプロト細胞の集団から構成され、各細胞は自己複製する分子の集団を内部に含む。これらの分子は複製の鋳型かつ触媒として働く事ができる。複製には有限の時間がかかるので、分子は他の分子の複製を触媒すればするほど、自分が鋳型として働く機会を失い、自己複製を抑制してしまう。したがって分子は自分の持つ触媒活性を最小化するよう進化する傾向がある。しかし逆に、細胞は分子の触媒活性を最大化するよう進化する傾向にある。なぜなら、細胞は内部分子の複製が速いほど分裂が速いからである。これら2つの対立する進化傾向の力関係は、細胞内の分子数Vや分子の突然変異率に依存する。例えばVが十分小さいと細胞レベルの進化が勝ち、触媒活性は最大化される。逆にVが十分大きいと分子レベルの進化が勝ち、触媒活性は最小化される。Vが中間の時、2つの進化傾向は拮抗状態にある。この時、分子レベルの進化が細胞レベルの進化よりもやや強い場合、分子は触媒活性を失う方向に進化する。しかし相補鎖の片方が触媒活性を失う事で、分子の突然変異率が実効的に減少する。それにより分子レベルの進化が弱まり、分子と細胞の進化が釣り合いを取れる様になる事で、系は進化的に安定な状態に至る。これが対称性の破れの仕組みであった。さらに、この仕組みによって生じる相補鎖の触媒と鋳型へ分化が、さらに相補鎖間での数の非対称性も進化させる。この数の非対称性は、細胞内の分子の有効集団サイズを減少させる。これが細胞の進化傾向を強め、かつ分子の進化傾向を弱めるので、プロト細胞の平均触媒活性が上昇する。これが相補鎖間での対称性の破れが細胞に与える影響であった。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 4 results)

  • [Int'l Joint Research] ユトレヒト大学(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      ユトレヒト大学
  • [Journal Article] Evolutionarily stable disequilibrium: endless dynamics of evolution in a stationary population2016

    • Author(s)
      Nobuto Takeuchi, Kunihiko Kaneko, Paulien Hogeweg
    • Journal Title

      Proceedings of Royal Society B, Biological Sciences

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] The origin of genes through spontaneous symmetry breaking2016

    • Author(s)
      竹内信人
    • Organizer
      物理学会第71回年次大会
    • Place of Presentation
      東北学院大学(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2016-03-19 – 2016-03-22
  • [Presentation] Gene-specific selective sweeps in bacteria and archaea caused by negative frequency- dependent selection2016

    • Author(s)
      Nobuto Takeuchi
    • Organizer
      SMBE Satellite Workshop on Genome Evolution in Pathogen Transmission and Disease
    • Place of Presentation
      志賀レークホテル(長野県下高井郡)
    • Year and Date
      2016-02-22 – 2016-02-25
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The origin of genes by spontaneous symmetry breaking2016

    • Author(s)
      Nobuto Takeuchi
    • Organizer
      Gordon Research Conference Origin of Life
    • Place of Presentation
      ガルベストン(米国)
    • Year and Date
      2016-01-17 – 2016-01-22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Evolution as the “means” and “end” of the origin of life2016

    • Author(s)
      Nobuto Takeuchi
    • Organizer
      Gordon Research Seminar Origin of Life
    • Place of Presentation
      ガルベストン(米国)
    • Year and Date
      2016-01-16 – 2016-01-17
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The origin of genes by spontaneous symmetry breaking2016

    • Author(s)
      Nobuto Takeuchi
    • Organizer
      Population, Evolution, Physics
    • Place of Presentation
      アスペン(米国)
    • Year and Date
      2016-01-03 – 2016-01-08
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The origin of genes through spontaneous symmetry breaking2015

    • Author(s)
      竹内信人
    • Organizer
      生命ダイナミクスの数理とその応用
    • Place of Presentation
      東京大学数理科学研究科(東京都目黒区)
    • Year and Date
      2015-12-09 – 2015-12-11
    • Invited
  • [Presentation] The origin of genes by spontaneous symmetry breaking2015

    • Author(s)
      Nobuto Takeuchi
    • Organizer
      Re-conceptualizing The Origin of Life
    • Place of Presentation
      Carnegie Institute for Science, Washington DC, USA
    • Year and Date
      2015-11-09 – 2015-11-13
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The origin of genes by spontaneous symmetry breaking2015

    • Author(s)
      竹内信人
    • Organizer
      数理生物学会第25回年大会
    • Place of Presentation
      同志社大学(京都府上京区)
    • Year and Date
      2015-08-26 – 2015-08-29
  • [Presentation] The origin of genes by spontaneous symmetry breaking2015

    • Author(s)
      竹内信人
    • Organizer
      理研QBiC Symposium 2015
    • Place of Presentation
      理化学研究所生命システム研究センター(大阪府吹田市)
    • Year and Date
      2015-08-25
  • [Presentation] The origin of genes by means of conflicting multilevel evolution2015

    • Author(s)
      竹内信人
    • Organizer
      進化学会第17回大会
    • Place of Presentation
      中央大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-08-20 – 2015-08-23
  • [Presentation] The origin of genes by spontaneous symmetry breaking2015

    • Author(s)
      Nobuto Takeuchi
    • Organizer
      Society of Molecular Biology and Evolution Annual Meeting
    • Place of Presentation
      ウィーン(オーストリア)
    • Year and Date
      2015-07-12 – 2015-07-16
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Spontaneous symmetry breaking in complementary replication2015

    • Author(s)
      Nobuto Takeuchi
    • Organizer
      Modelling Biological Evolution 2015
    • Place of Presentation
      レイスター(英国)
    • Year and Date
      2015-04-28 – 2015-05-01
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2016-12-27   Modified: 2022-02-16  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi