ヒトゲノム構造解析ツールとしての高密度genomic DNAマイクロアレイの開発

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 14013020
• Research Institution: Tokyo Medical and Dental University
• Principal Investigator: 井本 逸勢 (橘 逸勢) 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教授 (30258610)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 稲澤 譲治 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (30193551)
• Keywords: ゲノム / マイクロアレイ / 構造解析

Research Abstract

現在の豊富なゲノム情報と資源のもとで、ヒト疾患のゲノム一次構造のhigh-throughputな検出ツールとして重要となる、高精度・高感度のゲノムDNAマイクロアレイの開発研究ならびに、これを用いたヒト疾患のゲノム一次構造解析を推進し、以下の結果を得た。
1.実用レベルのゲノムDNAマイクロアレイの作製
これまでに収集、単離したBAC・PACなどのゲノムDNAから、アダプターPCR法を利用してスポット用のDNA断片を作製した。さらに、これまでの小規模のテストアレイでの経験を基盤に、これらをスライドグラス上にインクジェット方式のスポッターによりアレイ化した実用レベルの高密度ゲノムDNAマイクロアレイの作製を目的に合わせて進めている。これまで、(1)癌関連遺伝子を主とする800種類のクローンからなるアレイと(2)1p36のコンティグを含む特定の染色体領域の詳細な解析を行う高密度アレイの作製を行い、さらに他の用途のアレイの準備も進めている。
2.実用レベルのゲノムDNAマイクロアレイを用いた解析技術と評価
作製した実用レベルのゲノムDNAマイクロアレイを用いたゲノムDNAコピー数解析を、これまでの基礎技術開発で確立したプロトコールに準じて進め、アレイの精度・分解能・定量性・再現性などの評価を行った。例えば、癌関連遺伝子アレイでは、これまでの研究で用いてきた癌細胞株を用いてそのコピー数異常の検出を行い、従来のCGH解析や試作レベルのDNAマイクロアレイでは検出できなかったホモ欠失や増幅を検出でき、高い分解能を確認すると共に、1コピーの変化の検出が可能であることも確認している。さらに、実際の臨床検体を用いた検討を開始している。

Research Products

• [Publications] Watanabe T, Imoto I, Inazawa J, et al.: "Differentially regulated genes as putative targets of amplifications at 20q in ovarian cancers"Japanese Journal of Cancer Research. 93・10. 1114-1122 (2002)
• [Publications] Imoto I, Inazawa J, et al.: "Expression of cIAP1, a target for 11q22 amplification, correlates with resistance of cervical cancers to radiotherapy"Cancer Research. 62・17. 4860-4866 (2002)
• [Publications] Janssen JW, Imoto I, Inazawa J, et al.: "MYEOV, a gene at 11q13, is coamplified with CCND1, but epigenetically inactivated in a subset of esophageal squamous cell carcinomas"Journal of Human Genetics. 47・9. 460-464 (2002)
• [Publications] Saito-Ohara F, Imoto I, Inazawa J, et al.: "The Xq22 inversion breakpoint interrupted a novel Ras-like GTPase gene in a patient with Duchenne muscular dystrophy and profound mental retardation"American Journal of Human Genetics. 71・3. 637-645 (2002)
• [Publications] Yasui K, Imoto I, Inazawa J, et al.: "TFDP1, CUL4A, and CDC16 identified as targets for amplification at 13q34 in hepatocellular carcinomas"Hepatology. 35・6. 1476-1484 (2002)
• [Publications] Hirasawa A, Inazawa J, Imoto I, et al.: "Association of 17q21-q24 gain in ovarian clear cell adenocarcinomas with poor prognosis and identification of PPM1D and APPBP2 as likely amplification targets"Clinical Cancer Research. (印刷中). (2003)