2002 Fiscal Year Annual Research Report
遺伝子配置情報に基づいた巨視的ゲノム構造比較法の確立と適用
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14015229
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
堀本 勝久 東京大学, 医科学研究所・科学技術振興特任教員(常勤) (40238803)
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| Keywords | 遺伝子配置 / ゲノム / 構造比較 |
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| Research Abstract |
1.環状ゲノム比較法の確立-既に開発済みであった環状ゲノム配置比較法について、類似度の統計的評価に関して改良を行った。その結果、極値分布に基づく類似性確率の推定が可能となった。
2.遺伝子配置情報の整備-各種データベースより、46の細菌ゲノムのorthologous遺伝子及び13の細菌ゲノムと酵母ゲノムのparalogous遺伝子に関して、既存のデータベースから遺伝子位置情報を収集し、解析プログラムに取り込めるフォーマットに整備した。
3.ゲノム比較の実行-細菌ゲノム及び酵母ゲノムの配置情報データそれぞれについて、解析プログラムを実行った。細菌ゲノムについては、遺伝子機能の観点から既に提唱済みの相対的位置1が保存される遺伝子群について分類を行い、遺伝子群を特徴付けることができた。酵母ゲノムについては、ゲノム重複の可能性を示す結果が得られ、さらに祖先型クロモゾームのモデルを得た。
4.遺伝子発現データ解析法の開発-遺伝子位置と遺伝子発現を網羅的に解析するための準備として、ゲノムレベルで遺伝子発現を解析する方法を開発した。
5.線形クロモゾーム比較法の開発-異なる生物種間の複数線形クロモゾームの遺伝子配置比較法開発の予備的な調査として、既存の統計ソフトウェアパッケイジによって、様々な既存の統計解析法を適用した。
6.解析ソフトウェアの公開-解析ソフトウェアを利用できるホームページの作成を行い、仮設のサーバ上で公開した(http://wwwmse.kagu.sut.ac.jp)。現在ホームページの本格的な専用サーバへの移行を行っている。
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Research Products
(3 results)
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[Publications] Hiroyuki Toh: "Inference of a genetic network by a combined approach of cluster analysis and graphical Gaussian modeling"BIOINFORMATICS. 18,2. 287-297 (2002)
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[Publications] Hiroyuki Toh: "System for automatically inferring a genetic network from expression profiles"J.Biol.Phys.. 28. 449-464 (2002)
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[Publications] Sachiyo Aburatani: "Deduction of a gene regulatory relationship frame work from gene expression data by the application of graphical Gaussian modeling"Signal Processing. 83. 777-788 (2003)
