2002 Fiscal Year Annual Research Report
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14015230
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
西村 善文 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 教授 (70107390)
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| Keywords | DNA結合タンパク質 / 二重鎖DNAチップ / TRF / テロメアDNA / 表面電苛 / DNAマイクロレイ / Myb / テロメアタンパク質 |
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| Research Abstract |
新しいタンパク質同定用二重鎖DNAチップを開発した。DNA結合タンパク質の多くは二重鎖DNAに結合するため、二重鎖DNAチップを作成しなくてはならない。そのため、一本鎖DNAチップを作成しておいて、その相補鎖のDNAをハイブリダイゼーションし、二重鎖DNAにしておいた後に遺伝子産物であるタンパク質を流しトラップする。また、プローブのDNAを末端でスライドガラスに結合するためにアビジンコートスライドガラスを使用し、ビオチン化したプローブDNAを使用した。今年度はTRFをサンプルタンパク質としてTRFに特化した二重鎖DNAチップの開発を行った。ハイブリ用DNAサンプルとして16種類のすべての相補鎖を含むようにハイブリ用DNAサンプルプローブを合成した。作成したDNAチップに対してハイブリダイゼーションを行った。二重鎖DNAを形成していることを読み取りで確認し、調整したDNA結合タンパク質を添加してカバーガラスをかぶせて全体に行き渡るようにした後に純水で洗浄した。サンプルタンパク質としてTRF1とTRF2に関して実験を行った。本研究における二重鎖DNAチップの有用性を調べるために、BIACOREでDNA結合タンパク質TRF1の各々のプローブに対する解離定数を調べた。現時点で7プローブに対して同じくビオチン修飾したDNAプローブを用いることで解離定数を求めた。7点での相関係数は0.85であった。
また新しい可視化技術の開発として過去に報告されたDNA結合タンパク質とDNAとの相互作用をDNA表面で展開するソフトを開発しDNA結合面から見たタンパク質表面の特徴を描くことに成功した。
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Research Products
(5 results)
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[Publications] 西村善文: "情報伝達におけるドメイン構造の多様性と認識の普遍性"実験医学増刊. Vol.20. 72-81 (2002)
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[Publications] 奥田昌彦, 西村善文: "転写における構造生物学"蛋白質・核酸・酵素. Vol.47. 926-940 (2002)
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[Publications] 西村 善文: "蛋白質のドメイン構造-機能ドメインと構造ドメイン"実験医学増刊. Vol.20. 24-32
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[Publications] 西村 善文 (分担執筆): "ここまで判った形づくりのシグナル伝達(竹縄 忠臣, 帯刀 益夫 編P、72-81)"羊土社. 278 (2002)
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[Publications] 長土居 有隆, 西村 善文(分担執筆): "NMR分光法(阿久津 秀雄, 島田 一夫, 鈴木 栄一郎, 西村 善文編 p153-160、p207-233)"学会出版センター. 269 (2003)
