ゲノム情報と発現プロファイルを用いた転座関連遺伝子による腫瘍化の分子機構の解析

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 14370242
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 林 泰秀 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (30238133)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 井田 孔明 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (60313128) ; 小林 美由紀 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (60205391)
• Keywords: 遺伝子 / ゲノム / バイオテクノロジー / マイクロアレイ / 癌

Research Abstract

これまでMLLの相手遺伝子としてAF5α、CBP、p300、ABI1、AF17q25、AF5q31、AF10q22遺伝子を単離し、今年度はXq24の相手遺伝子を、cDNA panhandle PCR法によって得られた小さな断片より、ドラフトシークエンス情報により全シークエンスをみいだし、マウスのSeptin6遺伝子と相同性があることが判明した。さらにNUP98の新しい転座相手遺伝子HOXD13をpanhandle PCR法と、白血病細胞のcDNAライブラリーから単離し、Nup98-HOXD13の融合遺伝子を明らかにした。またt(11;12)よりNup98の相手としてHOXC11遺伝子を単離した。
転座型急性リンパ性白血病(ALL)の新鮮検体を用いて、転座の相手による発現の相違をDNA Chipを用いて検索し、下流の標的遺伝子を探索した。t(4;11)15検体、t(11,19)6検体、t(5;11)2検体および対照としてt(12;21)6検体、t(1;19)3検体からRNAを抽出し、Affymetrix社のDNA Chip(12,000個)により発現プロファイルの解析を行った。t(4;11)のみ発現している遺伝子が10種、t(11;19)のみに発現している遺伝子が12種みられ、両方に共通して発現がみられる遺伝子がFLT3,HOXA9,HOXA10等15種にみられた。興味あることにMLL再構成のある21検体中予後による発現パターンの相違がみられ(P=0.01)、転写因子のRUNX2が予後良好群で、CDP遺伝子が予後不良群で高発現を示した。また21例で共通して発現が高かったFLT3遺伝子の変異を調べたところ、4例(18%)で変異がみられた。これらの遺伝子の発現を定量reverse transcriptase (RT)-PCRでチェツクしたところ、ほぼアレイの発現と一致していた。MLL再構成例の共通の標的遺伝子および転座相手の相違によるMLLのキメラ遺伝子の下流の標的遺伝子の相違を探索するため、これらの遺伝子を詳細に検討し、共通する下流遺伝子をしぼる作業を進めている。

Research Products

• [Publications] Taketani T: "The HOXD11 gene is fused to the NUP98 gene in acute myeloid leukemia with the t(2;11)(q31;p15)"Cancer Res. 62. 33-37 (2002)
• [Publications] Ono R: "SEPTIN6, a Human Homologue to Mouse Sptin6, Is Fused to MLL in Infant Acute Myeloid Leukemia with Complex Chromosomal Abnormalities Involving 11q23 and Xq24"Cancer Res. 62. 333-337 (2002)
• [Publications] Taketani T: "The t(7;11)(p15;p15) in acute myeloid leukemia results in fusion of the NUP98 gene with a HOXA cluster gene, HOXA13, but not HOXA9"Genes Chromosomes Cancer 34:33-41, 2002. 34. 437-443 (2002)
• [Publications] Ono R: "LCX, leukemia-associated protein with a CXXC domain, is fused to MLL in acute myeloid leukemia with trilineage dysplasia having t(10;11)(q22;q23)"Cancer Res. 62. 4075-4080 (2002)
• [Publications] Taketani T: "Novel NUP98-HOXC11 Fusion Gene Resulted from a Chromosomal Break within Exon 1 of HOXC11 in Acute Myeloid Leukemia with t(11;12)(p15;q13)"Cancer Res. 62. 4571-4574 (2002)
• [Publications] Kitagawa Y: "Prevalent involvement of illegitimate V(D)J recombination in chromosome 9p21 deletions in Lymphoid Leukemia"J Biol Chem. 227. 46289-46297 (2002)