DNAマイクロアレー法による妊娠初期自然流産のゲノム微細変化の網羅的検出

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 14572143
• Research Institution: Nagasaki University
• Principal Investigator: 松本 直通 長崎大学, 医学部, 助教授 (80325638)
• Keywords: DNAマイクロアレー / 自然流産 / ゲノム / 染色体微細構造異常 / FISH

Research Abstract

平成14年度は、次に述べる3つの項目が完了ないし進行中である。本研究は、全て長崎大学ゲノム・遺伝子解析倫理委員会の承認のもとに行われている。
(1)効率的マイクロアレーCGHの開発:モノソミー・トリソミーが検出可能なマイクロアレーCGHを技術的に確立した。BACのDNAを鋳型としDOP-PCRを行いさらにその産物をアミノ基で修飾したプライマーを用いて2nd PCRで増幅し、特殊加工したスライドグラスに共有結合させる系を確立した。これによりシグナル強度が、1:2あるいは3:2コピー比の同定に十分なものとなり、モノソミー・トリソミーの同定が可能となった。
(2)全ゲノムをカバーするBACクローンの収集:使用を予定していたSpectralgenomics社(米国テキサス)の1000個のBACマイクロアレーの質が、期待を下回り、使用できなかったため、我々の手で14年度中に1000個のBACクローンを収集することにした。これらは全てプレート播種して1コロニーからDNAを採取しFISHで目的の染色体上にマップされることを確認後マイクロアレースライド用に使用される。平成15年1月現在約700個のBACのFISHが完了した。この結果約ゲノムデータベースで収集したFISH済みクローンでさえ10%のクローンは、異所性にマツプあるいは多発シグナルを呈し、マイクロアレーCGHに適さないことが判明し、我々の手による地道なFISHマッピングが不可欠であることが証明された。
(3)染色体異常を認めない正常核型の流産物20例からのDNA採取:流産物20検体の匿名化を行い、それぞれから20μg程度のDNAを採取した。
平成15年度前半期までにマイクロアレー作成を終え後半期で流産物の解析に入る予定である。

Research Products

• [Publications] Harada N: "A 4q21-q22 deletion in a girl with severe growth retardation"Clin Genet. 61・3. 226-228 (2002)
• [Publications] Kurotaki N: "Haploinsufficiency of the NSD1 gene causes Sotos syndrome"Nat Genet. 30・4. 365-366 (2002)
• [Publications] Harada N: "Duplication of 8p23.2 : a benign cytogenetic variant ?"Am J Med Genet. 111・3. 285-288 (2002)
• [Publications] Sugawara H: "Breakpoint analysis of a familial balanced translocation t(2;8)(q31;p21) associated with mesomelic dysplasia"J Med Genet. 39・7. E34 (2002)
• [Publications] Harada N: "A 4-Mb critical region for IUGR at 15q26"Clin Genet. 62・4. 340-342 (2002)
• [Publications] Hoglund P: "Familial Solos syndrome is caused by a novel one base pair deletion of the NSD1 gene"J Med Genet. 40・1. 51-54 (2003)