2002 Fiscal Year Annual Research Report

膜貫通タンパク質構造・機能の網羅的分類

Research Project

Project/Area Number	14580665
Research Institution	Hirosaki University
Principal Investigator	清水俊夫弘前大学, 理工学部, 教授 (00110750)
Keywords	膜貫通タンパク質 / 膜貫通トポロジー / トポロジー予測法 / コンセンサス予測法 / ゲノムスケール解析 / 原核生物ゲノム / シグナル配列 / 遺伝子内重複
Research Abstract	論文から、実験によって決定された膜貫通トポロジーデータを収集しデータベースとして構築し(原核188、真核114エントリー)、インターネット上に公開した(TMPDB)。このデータセットを用いて既存の10種類のトポロジー予測法の性能評価を行った結果、最良のものでも65%程度であった。これらの予測法を組み合わせることによって予測精度を向上させることを試みたところ、最適な組み合わせでは10パーセント向上させることに成功した(コンセンサス予測法、ConPred_all)。さらに、シグナル配列予測法(DetecSig、予測精度95%)を独自に開発した。また、シグナル配列の存在はトポロジー予測を大きく狂わせるが、予測されたシグナル配列領域を予め除去した後にトポロジー予測を行えば、その影響を避けられることも明らかにした。以上のような予測法と手順を適用して、原核ゲノム50種から予測された膜貫通タンパク質(総計約2万5千)について、これまで報告されているもの比べてより信頼性の高い網羅的トポロジー解析を行った。プロテオームに占める膜貫通タンパク質の割合は、ゲノムによって多少変動するが、平均で22%であった。シグナル配列を持つタンパク質配列の割合は、膜タンパク質で約18%、水溶性タンパク質では10%程度であった。また、シグナル配列を持つ膜貫通タンパク質(タイプI)のN端ループの長さは、他のタイプに比べて長いもの割合がきわめて高く、シグナル配列の存在と機能との間に密接な関係があることを明らかにした。さらに、50原核ゲノムから予測された膜貫通タンパク質配列全てを対象として、配列内の類似性比較を網羅的に行うことによって、遺伝子内重複によるトポロジー進化の可能性についても詳しく検討し、2倍体型の遺伝子内重複によって形成されたと考えられる膜貫通タンパク質の事例を数多く見つけだすことに成功した。

Research Products

(9 results)

All Other

All Publications (9 results)

[Publications] T.Nishio, T.Shimizu, J.C.T.Kwak, A.Minakata: "The cooperative binding of large ligands to a one-dimensional lattice : The steric hindrance effect"Biophysical Chemistry. (in press). (2003)
[Publications] M.Arai, M.Ikeda, T.Shimizu: "Comprehensive analysis of transmembrane topologies in prokaryotic genomes"Genes. 303(1). 77-86 (2003)
[Publications] D.M.Lao, T.Okuno, T.Shimizu: "Evaluating transmembrane topology prediction methods for the effect of signal peptide in topology prediction"In Silico Biology. (in press). (2003)
[Publications] M.Ikeda, M.Arai, T.Shimizu: "TMPDB : a database of experimentally-characterized transmembrane topologies"Nucleic Acids Research. 31(1). 406-409 (2003)
[Publications] D.M.Lao, M.Arai, M.Ikeda, T.Shimizu: "The presence of signal peptide significantly affects transmembrane topology prediction"Bioinformatics. 18(12). 1562-1566 (2002)
[Publications] N.Miura, K.Shida, R.Kawashima, Y.Kawazoe, H.Fukuda, T.Shimizu: "BREED : automatic brain region extraction method from 3D MRI T1-weighted image"Journal of Computer Assisted Tomography. 26. 927-932 (2002)
[Publications] D.M.Lao, T.Okuno, T.Shimizu: "Influence of Signal Peptide in Transmembrane Topology Prediction"Proc. Of the 2002 International Conference on Mathematics and Engineering Techniques in Medicine and Biological Sciences. 461-467 (2002)
[Publications] S.Mizuta, T.Shimizu: "Unified Optimization of Neural Network by Genetic Algorith"In Nonlinear Analysis and Convex Analysis---Proceedings of the International Conference edited by W.Takahashi and T.Tanaka Yokohama Publishers, Japan. 281-294 (2003)
[Publications] T.Shimizu, A.Minakata: "Effect of divalent cations on the volume of a maleic acid copolymer gel examined by incorporating lysozyme"European Polymer Journal. 38. 1113-1120 (2002)

2002 Fiscal Year Annual Research Report

膜貫通タンパク質構造・機能の網羅的分類

Principal Investigator

清水 俊夫 弘前大学, 理工学部, 教授 (00110750)

Research Products

[Publications] T.Nishio, T.Shimizu, J.C.T.Kwak, A.Minakata: "The cooperative binding of large ligands to a one-dimensional lattice : The steric hindrance effect"Biophysical Chemistry. (in press). (2003)

[Publications] M.Arai, M.Ikeda, T.Shimizu: "Comprehensive analysis of transmembrane topologies in prokaryotic genomes"Genes. 303(1). 77-86 (2003)

[Publications] D.M.Lao, T.Okuno, T.Shimizu: "Evaluating transmembrane topology prediction methods for the effect of signal peptide in topology prediction"In Silico Biology. (in press). (2003)

[Publications] M.Ikeda, M.Arai, T.Shimizu: "TMPDB : a database of experimentally-characterized transmembrane topologies"Nucleic Acids Research. 31(1). 406-409 (2003)

[Publications] D.M.Lao, M.Arai, M.Ikeda, T.Shimizu: "The presence of signal peptide significantly affects transmembrane topology prediction"Bioinformatics. 18(12). 1562-1566 (2002)

[Publications] N.Miura, K.Shida, R.Kawashima, Y.Kawazoe, H.Fukuda, T.Shimizu: "BREED : automatic brain region extraction method from 3D MRI T1-weighted image"Journal of Computer Assisted Tomography. 26. 927-932 (2002)

[Publications] D.M.Lao, T.Okuno, T.Shimizu: "Influence of Signal Peptide in Transmembrane Topology Prediction"Proc. Of the 2002 International Conference on Mathematics and Engineering Techniques in Medicine and Biological Sciences. 461-467 (2002)

[Publications] S.Mizuta, T.Shimizu: "Unified Optimization of Neural Network by Genetic Algorith"In Nonlinear Analysis and Convex Analysis---Proceedings of the International Conference edited by W.Takahashi and T.Tanaka Yokohama Publishers, Japan. 281-294 (2003)

[Publications] T.Shimizu, A.Minakata: "Effect of divalent cations on the volume of a maleic acid copolymer gel examined by incorporating lysozyme"European Polymer Journal. 38. 1113-1120 (2002)

清水俊夫弘前大学, 理工学部, 教授 (00110750)