2003 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム整列化チップによる染色体異常の検出と小児がん関連遺伝子の探索

Research Project

Project/Area Number	14657184
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	井田孔明東京大学, 医学部附属病院, 助手 (60313128)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	滝田順子東京大学, 医学部附属病院, 助手 (00359621) 添田栄一理化学研究所, 基盤研究部, 副主任研究員 (00039330)
Keywords	neuroblastoma / 1p36欠失 / P19INK4D / DFF45 / 癌抑制遺伝子 / Gene Chip / BACコンティグ / API2
Research Abstract	我々はこれまでスクリーニングキットやBACとPACの染色体整列化法を開発し、ゲノム整列化チップの実用化をすすめてきた。今回は、小児がんの診断としての染色体異常の検出のためのチップ作製と、小児がん関連遺伝子の探索法を検討した。まず小児がん、遺伝病等の染色体異常、あるいは遺伝子発現の動的変化を細胞遺伝学的レベルで検索し、その構造変化を簡便・迅速に解明できるゲノム整列化チップについて検討した。小児白血病と固形腫瘍の70株からゲノムDNAとmRNAを抽出し、標識して、検出感度を高めた特異性の高い診断マニュアル作成するために、1p36のバックコンティグより1Mbごとのマーカーを抽出し検討した。ついで、アフィメトリックス社のGene Chipを用いて、神経芽腫20例で発現プロファイルを検討したところ、clusteringにより予後良好群と不良群に分けられた。これらにつき新鮮腫瘍50例で検討したところ、API2とP19INK4D遺伝子は予後良好群で高発現であり、BAF60C遺伝子は予後良好群で有意に低発現であった。さらにパイロット実験として既に染色体1p35-36の整列化したBACの内D1S244領域の200個を用い、キアゲンカラムで精製したDNAを手動のアレイアーでスポットし、プローブとして正常細胞、D1S244に欠損を持つ神経芽腫細胞株(NB-1)を使用した。今後蛍光試薬で標識したDNAチップは、アフィメトリックス社のスキャナーで定量する予定である。現在Gene Chipの12,600遺伝子との相関についても検討しているところで、小児がん関連遺伝子の探索とアレイチップの完成をめざして進めている。

Research Products

(11 results)

All Other

All Publications (11 results)

[Publications] Xinh PT: "The breakpoints at 1p36.3 detected with BAC/PAC probes in three MDS/AML(M4) patients with t(1;3)(p36;q21) translocation : in the first intron and in the 5' region of MEL1"Genes Chromosome Cancerr. 36・3. 313-317 (2003)
[Publications] Terui, K: "Successful treatment of acute myelomonocytic leukaemia with NUP98-HOXD11 fusion transcripts and monitoring of minimal residual disease."Br.J.Haematol. 120・2. 274-276 (2003)
[Publications] Hiwatari M: "Fusion of an AF4-related gene, LAF4, to MLL in childhood acute lymphoblastic leukemia with t(2;11)(q11;q23)."Oncogene. 22・18. 2851-2855 (2003)
[Publications] Taketani T: "AML1/RUNX1 mutations are infrequent, but related to AML-MO, acquired trisomy 21, and leukemic transformation in pediatric hematologic malignancies."Genes Chromosomes Cancer. 38・1. 1-7 (2003)
[Publications] Echlin-Bell DR: "Polymorphisms in the MLL breakpoint cluster region (BCR)."Hum Genet. 113・1. 80-91 (2003)
[Publications] Chen YY: "Genomic structure and mutational analysis of the human KIF1Balpha gene located at 1p36.2 in neuroblastoma."Int J Oncol. 23・3. 737-744 (2003)
[Publications] Xu G: "Frequent mutations in the GATA-1 gene in the transient myeloproliferative disorder of Down syndrome."Blood. 102・8. 2960-2968 (2003)
[Publications] Tsutsumi S: "Two distinct gene expression signatures in pediatric acute lymphoblastic leukemia with MLL rearrangements."Cancer Res. 63・16. 4882-4887 (2003)
[Publications] Hirose Y: "Comprehensive analysis of gene alterations in acute megakaryoblastic leukemia of Down's syndrome."Leukemia. 17・11. 2250-2252 (2003)
[Publications] Obana K: "Aberrations of p16INK4A, p14ARF and p15INK4B genes in pediatric solid tumors."Int J Oncol.. 23・4. 11511-11577 (2003)
[Publications] Taketani T: "FLT3 mutations in the activation loop of tyrosine kinase domain are frequently found in infant acute lymphoblastic leukemia (ALL) with MLL rearrangement and pediatric ALL with hyperdiploidy."Blood. 103・3. 1085-1088 (2004)

2003 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム整列化チップによる染色体異常の検出と小児がん関連遺伝子の探索

Principal Investigator

井田 孔明 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (60313128)

Research Products

[Publications] Xinh PT: "The breakpoints at 1p36.3 detected with BAC/PAC probes in three MDS/AML(M4) patients with t(1;3)(p36;q21) translocation : in the first intron and in the 5' region of MEL1"Genes Chromosome Cancerr. 36・3. 313-317 (2003)

[Publications] Terui, K: "Successful treatment of acute myelomonocytic leukaemia with NUP98-HOXD11 fusion transcripts and monitoring of minimal residual disease."Br.J.Haematol. 120・2. 274-276 (2003)

[Publications] Hiwatari M: "Fusion of an AF4-related gene, LAF4, to MLL in childhood acute lymphoblastic leukemia with t(2;11)(q11;q23)."Oncogene. 22・18. 2851-2855 (2003)

[Publications] Taketani T: "AML1/RUNX1 mutations are infrequent, but related to AML-MO, acquired trisomy 21, and leukemic transformation in pediatric hematologic malignancies."Genes Chromosomes Cancer. 38・1. 1-7 (2003)

[Publications] Echlin-Bell DR: "Polymorphisms in the MLL breakpoint cluster region (BCR)."Hum Genet. 113・1. 80-91 (2003)

[Publications] Chen YY: "Genomic structure and mutational analysis of the human KIF1Balpha gene located at 1p36.2 in neuroblastoma."Int J Oncol. 23・3. 737-744 (2003)

[Publications] Xu G: "Frequent mutations in the GATA-1 gene in the transient myeloproliferative disorder of Down syndrome."Blood. 102・8. 2960-2968 (2003)

[Publications] Tsutsumi S: "Two distinct gene expression signatures in pediatric acute lymphoblastic leukemia with MLL rearrangements."Cancer Res. 63・16. 4882-4887 (2003)

[Publications] Hirose Y: "Comprehensive analysis of gene alterations in acute megakaryoblastic leukemia of Down's syndrome."Leukemia. 17・11. 2250-2252 (2003)

[Publications] Obana K: "Aberrations of p16INK4A, p14ARF and p15INK4B genes in pediatric solid tumors."Int J Oncol.. 23・4. 11511-11577 (2003)

[Publications] Taketani T: "FLT3 mutations in the activation loop of tyrosine kinase domain are frequently found in infant acute lymphoblastic leukemia (ALL) with MLL rearrangement and pediatric ALL with hyperdiploidy."Blood. 103・3. 1085-1088 (2004)

井田孔明東京大学, 医学部附属病院, 助手 (60313128)