インターネットを利用したオンライン分子設計支援システムの開発

2003 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 14750641
• Research Institution: Hiroshima Prefectural University
• Principal Investigator: 宇野 健 広島県立大学, 経営学部, 助教授 (20305783)
• Keywords: クライアント・サーバモデル / 分子グラフィックス / モデリング / VRML / PDB / CGI / 分子シミュレーション

Research Abstract

本システムはインターネットを用い、オンラインで分子設計の支援をおこなうことを目的とする。これを構築するにあたり、昨年度はその中核をなすオンライン分子グラフィックスシステムの開発をおこなった。操作のインターフェースをHTML形式で作成し、それをサーバコンピュータ上に置くことにより、クライアント側からWebブラウザでの操作可能とした。また、クライアント側からのデータファイルの読み込み、データの変換出力、クライアント側へのVRML形式でのグラフィック表示などを可能とした。これにより、インターネットに接続されていれば、どこからでも分子グラフィックスの表示が可能となった。
本年度は、前述したオンライン分子グラフィックスシステムをベースとし、分子設計に必要な機能を開発した。今回開発したのは、分子動力学パッケージであるAMBERをオンラインでの操作、プロジェクト管理等をおこなうシステムである。これは、一つの分子のシミュレーションに対して複数の入出力ファイルを必要とするAMBERのシミュレーションをプロジェクト単位にまとめ、Web上から管理するシステムである。また、AMBERを構成するPREP、NUCGEN、SANDER等、各モジュールの入力ファイルの作成や実行指示をWebブラウザ上からおこなうことを可能とした。また、分子グラフィックスシステムを利用することにより、出力結果等を3次元分子グラフィックスによって確認すること等が可能となっている。これらはすべて、Webブラウザ上で実行することが可能であり、これまではTelnet等により、コマンドベースでリモートから利用していたAMBERを、Webブラウザ上からグラフィカルな環境で、機種・OSを選ぶことなく利用することが可能になった。そのため、研究利用のほかにも、分子シミュレーションの教育用システムとしての利用も期待される。

Research Products

• [Publications] 佐々和洋, 宇野健, 林治尚, 山名一成, 中野英彦: "AMBERの残基データベースへの新規残基追加支援システム開発"Journal of Computer Chemistry Japan. 2巻4号. 8 (2003)