原発性胆汁性肝硬変症の発症進展を規定する遺伝的要因のゲノムワイド解析

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 14770245
• Research Institution: Jikei University School of Medicine
• Principal Investigator: 安部 宏 東京慈恵会医科大学, 医学部, 助手 (50343538)
• Keywords: 原発性胆汁性肝硬変 / 遺伝子多型 / ゲノムワイド解析

Research Abstract

§HuSNPチップを用いたPBCの発症進展を規定する遺伝子多型のゲノムワイドな解析
学内倫理委員会に研究計画を提出し許可を得た後に、充分なインフォームドコンセントを行い了解が得られたPBC症例、健常人各30例から得たDNAを用いて検討した。
HuSNPチップにはヒトゲノムワイドに認められる約1500箇所のSNPsを含むオリゴヌクレオチドがブロットされ、これらSNPsは1〜2.77cMの間隔で位置し染色体上の位置が判明している。患者より採取したDNAを用いチップ付属プライマーでPCRを行い50〜300bp程度の増幅産物を得て増幅産物からビオチン標識プライマーを用いビオチン標識プローブ(1本鎖DNA)を作成しチップ上でハイブリダイズし染色、専用スキャナーでスキャンし各SNPのハイブリダイズ蛍光強度を測定した。
得られた蛍光強度を検量線上で対照しalleleの存在頻度を算出、患者群・健常人群間でのalleleの出現頻度差をカイ2乗検定で検定し、疾患特異的な多型が認められる遺伝子を同定を試みている。現在のところ、PBCと健常人では全染色体にわたり100個以上(各染色体で5から15個)の遺伝子型が異なるSNPが存在していることが明らかとなったが、これらの遺伝子について病態により表現頻度が異なるかさらに詳しく検討している。