2004 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムレベルでの遺伝子機能情報の統合化と遺伝子システム解明への応用
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15011229
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
松田 秀雄 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50183950)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
坊農 秀雅 埼玉医科大学, ゲノム医学研究センター, 講師 (20364789)
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| Keywords | 遺伝子配列解析 / クラスタリング / DNAチップ / 配列モチーフ / ゲノム情報解析 / 機能注釈 |
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| Research Abstract |
数多くの生物のゲノムから遺伝子に関するデータが大量に得られつつあるが、依然として多くの遺伝子についてその機能が未知となっている。この理由としては、遺伝子の機能に関する情報が体系的に整備されておらず利用しづらい、遺伝子の集合を相互の配列相同性や発現プロファイルの類似性から機能的に関連した遺伝子のグループである遺伝子ファミリに分類するための手法が確立されていない、などが考えられる。
そこで、抽出され相互に関連付けられた遺伝子機能情報から、全遺伝子の集合でこの機能を持つと考えられる他の遺伝子を探索する方法を開発した。具体的には、次の手順で研究分担者と共に研究を行った。
1.大量の遺伝子について、配列レベルでの分類木、種々の実験条件での発現レベルでの分類木を作成し、その比較から得られる特徴的な遺伝子の機能情報を相互に比較することで類似しているものを関連付けるとともに、その関連付けに基づいて遺伝子の分類を試みた。
2.配列データや発現データを相互参照し、遺伝子機能情報と合わせて解析できるように研究を進めた。発現データは配列データと違って連続的な数値データで、これまでの配列解析とは異なった解析手法が求められていた。そこでNCBIのGeoなどの公共発現データベースからデータを取得して発現データを解析できる枠組みを構築し、これまでの配列解析の結果得られた遺伝子の相互参照対応付けデータと合わせて比較解析を行った。さらに、線虫のRNAiによる遺伝子の機能破壊データやタンパク質間相互作用データのようなゲノムスケールの解析によって得られたデータと合わせて統合的に解析できるようにした。
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Research Products
(5 results)
