2003 Fiscal Year Annual Research Report

配列情報からの規則性の発見

Research Project

Project/Area Number	15013209
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	中井謙太東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	坂内英夫東京大学, 医科学研究所, 助手 (20323644)
Keywords	転写データベース / モチーフ抽出 / 比較ゲノム学
Research Abstract	枯草菌の転写因子情報(DNA結合配列など)を文献から収集したデータベースDBTBSの情報を大幅に更新し、新機能として、既知の枯草菌転写因子の認識配列が、他の細菌ゲノムでも保存されているかどうかを網羅的に調査した。すなわち、枯草菌転写因子が結合する遺伝子のオーソログ遺伝子の上流配列中にモチーフが存在するかどうかをデータベースで閲覧できるように拡張した。このデータを用いて、転写制御システムの進化を解明することが今後の課題である。東大医科研の菅野研究室との共同研究で、構築してきた転写開始点のデータベースDBTSSを大幅に拡張した。たとえば、従来はヒト遺伝子情報だけだったのを、マウスなど、他生物種の情報も加えた。これによって、ヒトとマウスのオーソロガス遺伝子におけるプロモーターの大規模な比較解析が可能になった。比較解析の結果、保存されている領域はブロック状で存在することがわかった。この結果はプロモーター配列の進化を考える上で興味深い。いわゆるマイクロアレイ実験などで、発現パターンが類似している遺伝子の上流配列には、共通の転写因子の認識配列が存在することが期待される。そのため、与えられた複数本の塩基配列中に存在する(ミスマッチを許した)共通パターンをコンピュータで探索するプログラムがいくつか発表されている。しかし、それらのプログラムのパラメータを問題の性質によって、どのように調整したら良いかの指針はこれまで知られていなかった。そこで、我々はGibbs samplerとMEMEというプログラムで網羅的なパラメーター解析を行い、実用の参考となるデータを得た。

Research Products

(7 results)

All Other

All Publications (7 results)

[Publications] Gardy, J.L., Nakai, K., Brinkman, F.S.L.: "PSORT-B : improving protein subcellular localization prediction for Gram-negative bacteria"Nucleic Acids Research. 31(13). 3613-3617 (2003)
[Publications] Yamashita, R., Suzuki, Y., Nakai, K., Sugano, S.: "Small open reading frames in 5' untranslated regions of mRNAs"Comptes Rendus Biologies. 326(10-11). 987-991 (2003)
[Publications] Makita, Y., Nakao, M., Ogasawara, N., Nakai, K.: "DBTBS: Database of transcriptional regulation in Bacillus subtilis and its contribution to comparative genomics"Nucleic Acids Research. 32. D75-D77 (2004)
[Publications] Suzuki, Y., Yamashita, R., Sugano, S., Nakai, K.: "DBTSS (DataBase of Transcriptional Start Sites) : Progress Report 2004"Nucleic Acids Research. 32. D78-D81 (2004)
[Publications] Ota, T., Nakai, K., Sugano, S.: "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs"Nature Genetics. 36(1). 40-45 (2004)
[Publications] Poluliakh, N., Konno, M., Horton, P., Nakai, K.: "Parameter landscape analysis for commmon motif discovery programs"Proc.1st Ann.RECOMB Satellite Workshop on Regulatory Genomics. (In press).
[Publications] Horton, P., Mukai, Y., Nakai, K.: "Chapter 14, (Wong, L.ed.) Practical Bioinformatician"World Scientific Publishing Co.(In press).

2003 Fiscal Year Annual Research Report

配列情報からの規則性の発見

Principal Investigator

中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)

Research Products

[Publications] Gardy, J.L., Nakai, K., Brinkman, F.S.L.: "PSORT-B : improving protein subcellular localization prediction for Gram-negative bacteria"Nucleic Acids Research. 31(13). 3613-3617 (2003)

[Publications] Yamashita, R., Suzuki, Y., Nakai, K., Sugano, S.: "Small open reading frames in 5' untranslated regions of mRNAs"Comptes Rendus Biologies. 326(10-11). 987-991 (2003)

[Publications] Makita, Y., Nakao, M., Ogasawara, N., Nakai, K.: "DBTBS: Database of transcriptional regulation in Bacillus subtilis and its contribution to comparative genomics"Nucleic Acids Research. 32. D75-D77 (2004)

[Publications] Suzuki, Y., Yamashita, R., Sugano, S., Nakai, K.: "DBTSS (DataBase of Transcriptional Start Sites) : Progress Report 2004"Nucleic Acids Research. 32. D78-D81 (2004)

[Publications] Ota, T., Nakai, K., Sugano, S.: "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs"Nature Genetics. 36(1). 40-45 (2004)

[Publications] Poluliakh, N., Konno, M., Horton, P., Nakai, K.: "Parameter landscape analysis for commmon motif discovery programs"Proc.1st Ann.RECOMB Satellite Workshop on Regulatory Genomics. (In press).

[Publications] Horton, P., Mukai, Y., Nakai, K.: "Chapter 14, (Wong, L.ed.) Practical Bioinformatician"World Scientific Publishing Co.(In press).

中井謙太東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)