2003 Fiscal Year Annual Research Report
シグナル伝達系ネットワークのプロテオミクスとインフォマティクス
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15014225
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| Research Institution | The University of Tokushima |
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Principal Investigator |
谷口 寿章 徳島大学, 分子酵素学研究センター, 教授 (10257636)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山内 英美子 徳島大学, 分子酵素学研究センター, 助手 (50332292)
池田 和子 徳島大学, 分子酵素学研究センター, 助手 (10108863)
藤原 和子 徳島大学, 分子酵素学研究センター, 助教授 (20108880)
岡田 ひとみ 理化学研究所, 翻訳後修飾による動的調節機構研究チーム, 連携研究員
松崎 英樹 理化学研究所, 翻訳後修飾による動的調節機構研究チーム, 連携研究員
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| Keywords | プロテオーム / シグナル伝達 / 蛋白質間相互作用 / 質量分析 |
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| Research Abstract |
本年度は細胞内小器官(オルガネラ)のひとつであり、細胞質で合成されたタンパク質が脂質二重層を越えて輸送されるタンパク質輸送のモデル系として興味深いペルオキシソームを選び、ペルオキシソーム膜タンパク質に特異的な抗体を結合させた磁気ビーズにより単離精製したペルオキシソームを用い、質量分析法を用いた手法により解析することで、その構成タンパク質の同定を行った。また、抗体ビーズに結合したままでペルオキシソーム膜を破裂させ、弱アルカリにより洗浄することでペルオキシソームの膜画分を調製した。両者のプロテオーム解析から幾つかの新規タンパク質を同定した。その中で分子シャペロンとしての機能を持つLonプロテアーゼのペルオキシソーム特異的アイソフォームを発見した。Lonプロテアーゼに対して作成した特異的抗体により、このタンパク質がペルオキシソームのマトリックスに存在していることを確認した。また、ペプチドのMS/MS解析で得られる部分アミノ酸配列を含む構造情報を、直接ゲノム配列にマップするためのソフトウェアツールを開発し、それらを用いて、様々な微生物のプロテオーム解析データをゲノム配列にマップした。その結果、プロテオミクスのデータをゲノム配列にフィードバックすることで、ゲノム解析で重要な2つのポイント、シークエンシングとアノテーション、それぞれに有用なデータが得られることが明らかにした。また、光合成細菌であるらん藻のプロテオームを解析し、光強度に応答し変化するタンパク質群を同定した。これらのデータを既存のDNAアレイのデータと比較することで、らん藻における遺伝子発現ネットワークの解析を行っている。
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[Publications] Matsubara M: "Crystal structure of a myristoylated CAP-23/NAP-22 N-terminal domain complexed with Ca(2+)/calmodulin"EMBO J. 23. 712-718 (2004)
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[Publications] Miki Kikuch: "Proteomic Analysis of Rat Liver Peroxisome : PRESENCE OF PEROXISOME-SPECIFIC ISOZYME OF LON PROTEASE"J.Biol.Chem. 279. 421-428 (2004)
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[Publications] 谷口 寿章: "最新 プロテオミクス実験プロトコール"秀潤社. 190 (2004)
