• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2004 Fiscal Year Annual Research Report

大規模データによる未解決の多分岐解消:ミトゲノム分析に基づくスズキ類の大系統解析

Research Project

Project/Area Number 15570090
Research InstitutionNatural History Museum and Institute, Chiba

Principal Investigator

宮 正樹  千葉県立中央博物館, 動物学研究科, 上席研究員 (30250137)

Keywords大規模データ / ミトコンドリアゲノム / 高次分類 / 分子系統 / ベイズ法 / 条鰭類 / 多分岐 / 魚類
Research Abstract

ミトコンドリアゲノム全長配列に基づくMiya et al.(2001,2003)の研究により,これまで形態に基づき曖昧に認識されてきた包括的な高次分類群(目より高次の階級を与えられていない分類)の多くは,その単系統性を明瞭に否定され,新たな構成のもとに再定義された.
再定義された高次分類群の中でも最も大きな修正を迫られたのが本研究の対象となったスズキ類である.平成15〜16年度の研究で以下の項目に的を絞り戦略的に研究を進めてきた.
1)ベイズ法に基づく大規模データ行列解析の試み:これまでの手法(最大節約法や最尤法)では,対象分類群が50を超えると,探索すべき系統樹の数が天文学的数字となり,解析が実質上不可能になっていた.ところで,事後確率に基づくベイズ法の出現により,適切な進化モデルを用いた大規模データ行列の解析が可能になった,昨年度に導入した並列コンピュータにより,超高速演算が可能なシステムが構築された.
2)ミトコンドリア全長配列の決定:14,000種からなるスズキ類の多様性を網羅するために,引き続き多数の種の配列を決定した.本年度だけで50種を超える新たな配列を決定し,スズキ類だけで計200種を超える規模のデータになった.
3)ミトゲノムデータの多重整列:条鰭類すべてを網羅する334種を選定し,ミトゲノムデータのデータの多重整列を行った,その結果,今後の大規模解析の基礎となるデータ行列が完成した.
4)大規模データの解析:上記並列コンピュータを用いた大規模データの解析が進行中である.データの包括的解析と局所的解析を併せることにより,巨大な系統樹空間をもれなく探索することを試みた.

  • Research Products

    (6 results)

All 2005 2004 2003

All Journal Article (6 results)

  • [Journal Article] The phylogenetic position of toadfishes(order Batrachoidiformes) in the higher ray-finned fish as inferred from partitioned Bayesian analysis of 102 whole mitochondrial genome sequences2005

    • Author(s)
      M.Miya, T.P.Satoh, M.Nishida
    • Journal Title

      Biological Journal of the Linnean Society 85(in press)

  • [Journal Article] Gene rearrangements and evolution of tRNA pseudogenes in the mitochondrial genome of the parrotfishes(Teleostei : Perciformes : Scaridae)2004

    • Author(s)
      Mabuchi, K., M.Miya, T.P.Satoh, M.W.Westneat, M.Nishida
    • Journal Title

      Journal of Molecular Evolution 59(3)

      Pages: 287-297

  • [Journal Article] Major patterns of higher teleostean phylogenies : A new perspective based on 100 complete mitochondrial DNA sequences2003

    • Author(s)
      M.Miya, H.Takeshima, H.Endo et al.(12 coauthors)
    • Journal Title

      Molecular Phylogenetics and Evolution 26(1)

      Pages: 121-138

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] Mitochondrial genomics of ostariophysan fish : Perspectives on phylogeny and biogeography2003

    • Author(s)
      Saitoh, K., M.Miya, J.G.Inoue, N.B.Ishiguro, M.Nishida
    • Journal Title

      Journal of Molecular Evolution 56(4)

      Pages: 464-472

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] Basal euteleostean relationships : A mitogenomic perspective on the phylogenetic reality of the "Protacanthopterygii"2003

    • Author(s)
      Ishiguro, N.B., M.Miya, M.Nishida
    • Journal Title

      Molecular Phylogenetics and Evolution 27(3)

      Pages: 476-488

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] Basal actinopterygian relationships : A mitogenomic perspective on thephyloge nyof the "ancient fish"2003

    • Author(s)
      Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida
    • Journal Title

      Molecular Phylogenetics and Evolution 26(1)

      Pages: 110-120

URL: 

Published: 2006-07-12   Modified: 2016-04-21  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi