2004 Fiscal Year Annual Research Report
霊長類MHCクラスIならびにMIC遺伝子群のゲノム生物学的解析
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15570199
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| Research Institution | RIKEN |
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Principal Investigator |
深海 薫 独立行政法人理化学研究所, 情報解析技術室, 室長(副主任研究員待遇) (20225494)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
猪子 英俊 学校法人東海大学, 医学部, 教授 (10101932)
舘野 義男 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構, 国立遺伝子研究所・生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (00202424)
岩瀬 秀 独立行政法人理化学研究所, 情報解析技術室, 研究員 (10391872)
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| Keywords | 霊長類 / MHC / MIC / ゲノム / 免疫学 / 分子進化 / チンパンジー / アカゲザル |
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| Research Abstract |
本研究は霊長類のMHCクラスIならびにMIC(MHC Class I Chain Related)遺伝子が存在するゲノム領域について、ヒトと真猿類とが分岐した時点から現在に至るまでの進化を明らかにすることを目的としている。既に私たちのこれまでの研究により、ヒト-チンパンジー間におけるこのゲノム領域の進化に関してはある程度の解明がなされていたが、祖先型の推定などアウトグループの存在なしには結論が得られない解析があった。このため、アウトグループとしてアカゲザルを対象とし、MHCクラスIならびにMIC遺伝子を含むゲノム領域の塩基配列を昨年度決定した。決定されたアカゲザルのゲノム塩基配列のデータを用いて、MHC、MIC遺伝子群の各遺伝子のエクソンや蛋白質コード領域の位置の同定、LINEの探索を行った。
今年度はこうして得られたデータを、今まで私たちが配列決定したヒト、チンパンジーのデータと合わせて進化の動態をさらに解析した。その結果、配列決定を行った領域に見られる2つのゲノム断片重複、すなわちHLA-BとHLA-C遺伝子の重複とMICAとMICB遺伝子の重複が起こった年代を、この領域に存在するLINE配列を比較することにより推定する事が出来た。これに関しては以前ゴリラのデータを用いて推定を試みたが、ヒトとゴリラの分岐年代が600-800万年前とかなり大きな幅を持ってしか推定されていないこと、該当領域に存在するLINE配列のデータが得られなかったことにより、推定が大きな幅をもった値にならざるを得なかったものである。本研究で得られた以上の成果は、論文の形にまとめて学術雑誌(Proceedings of the National Academy of Science of the USA)に投稿した。
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