2004 Fiscal Year Annual Research Report
低分子化した混合斑痕試料に有用なマルチプレックス型判定システムの構築及び評価
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15590577
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
山本 敏充 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 助教授 (50260592)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
勝又 義直 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (30109326)
打樋 利英子 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 助手 (20223571)
玉木 敬二 京都大学, 大学院・医学研究科, 教授 (90217175)
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| Keywords | STR / 混合斑痕 / マルチプレックス / 低分子化DNA / 日本人 / 遺伝的多型 |
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| Research Abstract |
本年度は、昨年度作製したトリプレックス(Penta E及びD、並びにD10S2325)に新たに加えるべくローカスの選択を試みた。その一方で、本年度初めにPromega社から市販された"Penta BEC Multiplex kit"の有用性について評価・検討した。日本人300人におけるアリール頻度を算出し、識別力を検討したところ、3ローカス全てでHardy-Weinberg平衡からの乖離は認められず、各PD値は、全て0.9以上という高い値であった。また、総合PD値は0.99991、総合PE値は0.96531となり、このシステムは、日本人において、高い識別力を有していることが判明した。さらに、各アリールのstutterピーク比を計算したところ、グローバルに利用されているtetranucleotideと比較して、pentaucleotideのstutterピーク比は低く、ピーク比はアリールのリピート数と正の相関関係にあることがわかり、平均値から±3倍のSD値の範囲内に、ほとんどのサンプルのピーク比は分布した。
本研究の本来の目的である4ローカスのマルチプレックス化には、Penta Bローカスを選択して、低分子化用のプライマーを設計しなおし、マルチプレックス化を試みた。このマルチプレックスシステムは、アレリックラダーマーカーの一部を除きほぼ完成し、その評価の一部をstutterピーク比で行った。また、日本の3地域から秋田200名、名古屋300名、大分175名について、タイピングし、アリール頻度を算出し、ハーディ・ワインベルグ平衡の検定を行ったところ乖離がみられたものはなかった。ヘテロ接合度は0.77以上、PD値は0.92以上であった。さらに、地域間の有意差を統計学的に検定したところ、秋田-大分間で2ローカス、秋田-名古屋並びに名古屋-大分間でそれぞれ1ローカスにおいて有意差が認められた。
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