2003 Fiscal Year Annual Research Report
| Project/Area Number |
15591187
|
|---|
| Research Institution | Osaka City University |
|---|
Principal Investigator |
深井 和吉 大阪市立大学, 大学院・医学研究科, 助教授 (20244642)
|
|---|
| Keywords | 乾癬 / 遺伝子多型 / 転写因子 / IRF2 / USF |
|---|
| Research Abstract |
この遺伝子のコード領域のSNPを検索するべく、35名の乾癬患者より抽出したRNAからRT-PCR-direct-sequencingによりこの遺伝子のc-SNPを検索した。35名中13人にGly248Gly(ggg>gga)のサイレント変異、また2名にGly179GIy(gga>ggc)のサイレント変異を見いだした。RNAからの解析ではナンセンス変異やフレームシフト変異、スプライス変異などの病的変異はmRNAが不安定なため見逃してしまう。このような変異の同定にはゲノムDNAからの解析が必要であり、この遺伝子を含むBAC(Bacterial Artificial Chromosome)の塩基配列情報が公開され、この遺伝子のすべてのエクソンと隣接するイントロンの解析を乾癬患者について行ったが、変異ないし多型は認められなかった。
また、プロモーター領域についても-803まで解析し、-535にG/Aの多型か存在することを見いだした。この多型は、転写因子解析ソフトであるTFSEARCHによるとGのアレルではupstream stimulatory factor(USF)が結合するも、AのアレルではUSFは結合しないことが示唆された。従って、この領域の2本鎖オリゴを合成し、ゲルシフトを行うと確かにGのアレルにのみバンドが見られ、さらにスーパーシフトをすると確かにこのGのアレルにのみみられたバンドはUSFの抗体でスーパーシフトすることが確認された。この多型が機能的に意味を持つものかどうかをルシフェラーゼアッセイにより確認したが、この多型そのものによる機能的な違いは認められなかった。
|
Research Products
(6 results)
-
[Publications] Kato A, Fukai K, Oiso N, et al.: "Association of SPINK5 gene polymorphism with atopic dermatitis in the Japanese population"British Journal of Dermatology. 148. 665-669 (2003)
-
[Publications] Hosomi N, Fukai K, Oiso N, et al.: "Polymorphism in the promoter of the interleukin-4 receptor alpha chain gene are associated with atopic dermatitis in Japan"Journal of Investigative Dermatology. (in press). (2004)
-
[Publications] Fridman C, Hosomi N, Varela MC et al.: "Angelman syndrome associated with OCA2 due to an intragenic deletion of the P gene"Am J Med Genet. 119. 180-183 (2003)
-
[Publications] Kato A, Fukai K, Oiso N, et al.: "A novel P gene missense mutation in a Japanese patient with oculocutaneous albinism type II (OCA2)"Journal of Dermatological Science. 31. 189-192 (2003)
-
[Publications] Oiso N, Fukai K, Hosomi N et al.: "Guttate morphea with Christmas-tree distribution in a patient with human T-cell lymphoma/lymphotropic virus type-1 infection"Clin Exp Dermatol. 28. 380-382 (2003)
-
[Publications] Shears D, Conlon H, Murakami T et al.: "Molecular heterogeneity in two families with auditory pigmentary syndromes : the role of neuroimaging and genetic analysis"Clin Genet. (in press). (2004)
