高精度・高感度DNAマイクロアレイの新たな開発とその臨床応用

2003 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15591437
• Research Institution: Saitama Medical University
• Principal Investigator: 市川 度 埼玉医科大学, 医学部, 講師 (70282738)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 平山 廉三 埼玉医科大学, 医学部, 教授 (10014317) ; 北郷 邦昭 埼玉医科大学, 医学部, 講師 (00161472)
• Keywords: DNA array / 5-FU / northern hybridization

Research Abstract

研究計画に従って、Focused DNA arrayの作製をおこなった。
1)ターゲットDNAの設計とプローブの作製
2)スタンプするターゲットDNA量の調整
3)クローニングベクター配列を元にしたuniversal Primerの設計
特異性が充分でないものについては、遺伝子の他のregionからターゲットDNAを設計し直し、再度northern hybridizationを実施した。得られたターゲットDNAはすべてクローニングし、質・量の安定供給を図った。
以上の実験検討により、すでに絞り込みの終了した52種類の抗癌剤感受性規定遺伝子による高感度かつ高精度のFocused DNA arrayのプロトタイプが完成した。
さらに、株化癌細胞を用いたFocused DNA arrayの妥当性に関する検討を行った。
14種類のヒト腫瘍細胞における52種類の遺伝子発現を、作製したプロトタイプのFocused DNA arrayにより測定した。同一検体を用いて、northern hybridizationを行い、遺伝子発現を比較することにより、プロトタイプのプローブ特異性やスタンプするターゲットDNA量の妥当性を検討した。
しかし、スポットのばらつきが大きく、未だデータの再現性に乏しいため、今後さらなる検討が必要である。

Research Products

• [Publications] W Ichikawa, H Uetake, Y Shirota, H Yamada, T Takahashi, et al.: "Both gene expression for OPRT and its ratio to DPD influence outcome following fluoropyrimidine-based chemotherapy for metastatic colorectal cancer"British Journal of Cancer. 89・8. 1486-1492 (2003)