AP PCR SSCPを用いた病態特異的な遺伝子多型の網羅的探索法の確立と応用

2003 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15659133
• Research Institution: Hamamatsu University School of Medicine
• Principal Investigator: 前川 真人 浜松医科大学, 医学部, 教授 (20190291)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 竹下 明裕 浜松医科大学, 医学部, 助教授 (00242769) ; 金森 雅夫 びわこ成蹊スポーツ大学, 教授 (90127019) ; 椙村 春彦 浜松医科大学, 医学部, 教授 (00196742) ; 堀井 俊伸 浜松医科大学, 医学部附属病院, 助手 (80283430)
• Keywords: AP-PCR / SSCO / SNPs / 遺伝子多型 / テイラーメイド医療

Research Abstract

現在の疾患と一塩基多型(single nucleotide polymorphism;SNP)の意義付けは、まず絨毯爆撃的に塩基配列決定によって見いだされ、それらと表現型との関係を疫学的に調査するものである。すなわち、遺伝型から表現型へと解析が進められてきた。しかし、SNPの検出だけでも膨大な作業であるが、その後の疫学的な意味づけはさらに大変な作業である。そこで、SNPから表現型へ進むのではなく、特定の表現型を説明できる遺伝型を探索するという逆のプロセス、つまり、特定の表現型に共通して有意に多い遺伝型はないだろうかと探索する手法を考案した。
本法の基本的手法として、AP-PCR (arbitrary primed PCR)-SSCP (single strand conformation polymorphism)を利用した。まず、長寿者に共通する遺伝子多型の探索プロジェクトを施行した。
1)長寿者とそれ以外のDNAを混合したDNAプールを作成(10本ずつ)し、AP-PCRで増幅した産物をSSCPにて展開し、表現型によって移動度の異なるバンド、濃さが変化しているバンドを切り出し、塩基配列を決定する。ここで、PCR産物をSSCPで展開することによって得られるそれぞれのバンドの濃さは、元のDNAの割合を反映することを確認した。
2)得られた塩基配列からBLASTにより該当する遺伝子を同定し個々の検体に戻り、その遺伝子特異プライマーを用いて、遺伝型を検査した。
その結果、数個の遺伝子多型を検出しており、100歳以上の長寿者に有意に多く存在するSNPも見いだすことができた。
この方法をさらにブラッシュアップして、種々の病態に共通して高頻度に認められる遺伝子多型を探索し、遺伝子多型を利用した予防医学・予知医学への応用を試みていく。