神経芽腫におけるゲノム変化の網羅的検索とそこからの癌関連遺伝子および予後因子の同定

2003 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15790549
• Research Institution: Chiba Cancer Center (Research Institute)
• Principal Investigator: 大平 美紀 千葉県がんセンター, 生化学研究部, 研究員 (20311384)
• Keywords: 神経芽腫 / ゲノム / アレイCGH / がん抑制遺伝子 / 染色体欠失 / 遺伝子増幅

Research Abstract

小児の代表的な腹部腫瘍である神経芽腫では染色体1p36領域の欠失、MYCN癌遺伝子座の増幅、17q領域の増加などの染色体変化と予後との相関が知られているが、その領域からの神経芽腫関連がん抑制遺伝子は未だ同定されていない。本研究では、神経芽腫の個性に関連する特異的なゲノム変化の同定と、それらの領域からの腫瘍関連遺伝子の同定を目的として、様々な病期の神経芽腫270症例についてアレイCGH法を行った。本年度は以下に示す結果が得られた。
1)アレイCGH解析と数値化データの変換法の確立
BACアレイは約2430クローンが搭載されたものを用いた(約1Mbの解像度)。まず、神経芽腫で高頻度に見られる3倍体等のAneuploidyの腫瘍はしばしばデータの解釈が困難であったが、当研究室にて解析を行った個々の腫瘍細胞のDNAプロイディデータを用いることにより、ハイブリダイゼーションシグナルの数値化データに対する独自のノーマライズ法を確立した。
2)Genetic subgroupの同定と予後との相関
得られた各BACクローン毎のコピー数変化のパターンについて階層クラスタリングを行ったところ、神経芽腫のゲノム異常には5つのサブグループが存在することが判明した。各サブグループのKaplan-Meier法による生存分析を行ったところ、典型的な予後良好群および予後不良群、その中間群とに分類され、geneticな異常のパターンが非常によく予後と相関していることが示された。更に各種臨床データとの関連性やクローン単位での予後との相関を探索する予定である。
3)増幅および欠失領域の狭小化と候補遺伝子の探索
増幅および欠失の範囲に含まれるBACクローンの染色体マップから共通領域の限定を進めた。2p24.3のMYCN増幅アンプリコンが2p24.1等周辺領域の染色体増加を広く伴っていることや、2p21にも増幅の候補が見い出された。今後はこの領域の遺伝子の発現との相関の有無を解析する。

Research Products

• [Publications] Nakagawara A, Ohira M.: "Comprehensive genomics linking between neural development and cancer : Neuroblastoma as a model. In Special Issue : Neural development and cancer."Cancer Letters. (in press).
• [Publications] Hamano S, Ohira M, Isogai E, Nakada K, Nakagawara A: "Identification of Novel Human Neuronal Leucine-Rich Repeat (hNLRR) Family Genes and Inverse Association of Expression of Nbla10449/hNLRR-1 and Nbla10677/hNLRR-3 with the Prognosis of Primary Neuroblastomas"Int.J Oncology. (in press).
• [Publications] Ohira M, Morohashi A, Inuzuka H, et al.: "Expression profiling and characterization of 4200 genes cloned from primary neuroblastomas : identification of 305 genes differentially expressed between favorable and unfavorable subsets"Oncogene. 22. 5525-5536 (2003)
• [Publications] Ohira M, Morohashi A, Nakamura Y, et al.: "Neuroblastoma oligo-capping cDNA project : toward the understanding of the genesis and biology of neuroblastoma"Cancer Letters. 197. 63-68 (2003)
• [Publications] Kawamoto T, Ohira M, Hamano S, Hori T, Nakagawara A: "High expression of the ovel endothelin-converting enzyme genes, Nbla03145/ECEL1α and β, is associated with favorable prognosis in human neuroblastomas"Int J Oncology. 22. 815-822 (2003)
• [Publications] Tomioka N, Kobayashi H, Kageyama H, Ohira M, et al.: "Chromosomes that show partial loss or gain in near-diploid tumors coincide with chromosomes that show whole loss or gain in near-triploid tumors : Evidence suggesting the involvement of the same genes in the tumorigenesis of high- and low-risk neuroblastomas"Genes Chromosomes Cancer. 96. 139-150 (2003)