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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Cellular memory depending on phosphorylation states of a signaling protein

Research Project

Project/Area Number 15H02394
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

佐甲 靖志  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (20215700)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Keywords細胞情報・動態
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、細胞内情報処理蛋白質の多重リン酸化を利用した新たな細胞記憶の形成・保持機構を研究し、その分子機構に由来する細胞個性の発現や遺伝的変異による発病の理解を目指した。動物細胞の持つリン酸化酵素RAFは、細胞内情報処理ネットワークの要となる反応要素である。我々は最近、細胞内のRAF分子の平均構造が細胞ごとに異なっており、それが増殖因子に対する細胞ごとのRAFの応答性の違いと強く相関していること、さらに、RAFの構造分布が、分子内の複数のアミノ酸残基のリン酸化の組み合わせによって制御されていることを示す実験結果を得た。この結果は、各々の細胞が経験してきたリン酸化酵素活性化の履歴がRAF分子に埋込まれ、細胞応答を決定していることを示唆している。この現象の実態と意義を解明することが目標である。
RAFの構造は、両端にGFPとTMR-Halo tagを結合したプローブ分子を用いて、末端間のFRET信号変化によって検出可能である。本年度は細胞内におけるRAF分子活性化詳細を明らかにするため、細胞質での1分子FRET計測により細胞質内の構造ダイナミクス計測を行った。RAFが少なくとも3つの構造状態を持つことが明らかになり、EGFによる細胞刺激に応じて閉じた状態および中間状態から開いた状態へ遷移することが示唆された。また、閉じた状態と開いた状態の間の遷移が10~20 msの時間スケールで起きていることが推定された。変異体の計測からこの構造変化にはRAFのS259, S621のリン酸化による14-3-3蛋白質との相互作用が関わっていると考えられる。閉じた構造の割合は静止状態でも細胞毎に異なっており、細胞間のリン酸化反応のゆらぎがRAFの初期構造分布を決めていると思われる。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (11 results)

All 2019 2018

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 5 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] In-cell single-molecule FRET measurements reveal three conformational state changes in RAF protein2019

    • Author(s)
      Okamoto Kenji、Hibino Kayo、Sako Yasushi
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: in press Pages: 1-42

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.04.022

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Inferring a nonlinear biochemical network model from a heterogeneous single-cell time course data2018

    • Author(s)
      Shindo Yuki、Kondo Yohei、Sako Yasushi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 1-10

    • DOI

      10.1038/s41598-018-25064-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Automated single-molecule imaging in living cells2018

    • Author(s)
      Yasui Masato、Hiroshima Michio、Kozuka Jun、Sako Yasushi、Ueda Masahiro
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1038/s41467-018-05524-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Single-molecule diffusion-based estimation of ligand effects on G protein?coupled receptors2018

    • Author(s)
      Yanagawa Masataka、Hiroshima Michio、Togashi Yuichi、Abe Mitsuhiro、Yamashita Takahiro、Shichida Yoshinori、Murata Masayuki、Ueda Masahiro、Sako Yasushi
    • Journal Title

      Science Signaling

      Volume: 11 Pages: 1-16

    • DOI

      10.1126/scisignal.aao1917

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Single-Molecule F?rster Resonance Energy Transfer Measurement Reveals the Dynamic Partially Ordered Structure of the Epidermal Growth Factor Receptor C-Tail Domain2018

    • Author(s)
      Okamoto Kenji、Sako Yasushi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 123 Pages: 571~581

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b10066

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Single-molecule pharmacology of G protein-coupled receptors2019

    • Author(s)
      Sako, Y.
    • Organizer
      1st international symposium on Interdisciplinary Approaches to Integrative Understanding of Biological Signaling Networks
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] In cell automated single-molecule analysis and its extensive applications2018

    • Author(s)
      Hiroshima, M., Yasui, M., Kozuka, J., Sako, Y., and Ueda, M.
    • Organizer
      日本生物物理学会第56回年会
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Single-molecule analysis of a cell signaling protein, SOS2018

    • Author(s)
      Nakamura, Y., Hibino, K., Yanagida, T., and Sako, Y.
    • Organizer
      日本生物物理学会第56回年会
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Sinlgle-molecular pharmacology of GPCRs2018

    • Author(s)
      Sako, Y.
    • Organizer
      The 3rd Biosignal Research Center International Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Lateral mobility of GPCRs reflects their activation kinetics2018

    • Author(s)
      Sako, Y.
    • Organizer
      The 91st Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Patent(Industrial Property Rights)] Method for evaluating activity of G protein-coupled receptor (GPCR)2018

    • Inventor(s)
      Masataka Yanagawa, et al.
    • Industrial Property Rights Holder
      理化学研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      US patent 15/957406
    • Overseas

URL: 

Published: 2019-12-27  

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